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万見
- PDB-6ijk: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Cupriavidus nec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ijk
タイトルEnoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Cupriavidus necator H16
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / isomerase
機能・相同性: / enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / enoyl-CoA hydratase activity / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Enoyl-CoA hydratase
機能・相同性情報
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seo, H. / Kim, K.-J.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2016M3D3A1A01913269 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M1A2A2087631 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2018H1A2A1061751 韓国
引用ジャーナル: Biotechnol. Bioprocess Eng. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a novel type isomerase of enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Cupriavidus necator H16
著者: Seo, H. / Kim, K.-J.
履歴
登録2018年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7192
ポリマ－64,7192
非ポリマー00
水84747
1
A: Enoyl-CoA hydratase

A: Enoyl-CoA hydratase

A: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0783
ポリマ－97,0783
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area29110 Å2
手法PISA
2
B: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0783
ポリマ－97,0783
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10820 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.941, 132.941, 44.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase


分子量: 32359.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337) (バクテリア)
株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: H16_B0756 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0K371, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 550 MME, NaCl, Bicine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月22日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 57392 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 41.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / CC1/2: 0.874

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZAI

5zai


解像度: 2→35.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.663 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.13
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 2887 5 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.204 55042 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.29 Å2 / Biso mean: 33.317 Å2 / Biso min: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.24 Å2-0 Å2
2---0.49 Å2-0 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→35.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 0 47 4127
Biso mean---34.96 -
残基数----538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.6335663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4181.5718949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8325536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.14519.737228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01515639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5121544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02976
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 223 -
Rwork0.262 3940 -
all-4163 -
obs--97.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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