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- PDB-6iii: Crystal structure of an uncharacterized protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iii
タイトルCrystal structure of an uncharacterized protein
要素UPF0061 protein YdiU
キーワードTRANSFERASE / uncharacterized protein / E. coli / pseudokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein adenylyltransferase SelO / Protein adenylyltransferase SelO
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDODIPHOSPHORIC ACID / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Protein adenylyltransferase SelO / Protein adenylyltransferase SelO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.113 Å
データ登録者Li, B. / Yuan, Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein
著者: Li, B.
履歴
登録2018年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0061 protein YdiU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3675
ポリマ－54,7941
非ポリマー5734
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.424, 71.424, 363.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-626-

HOH

21A-709-

HOH

31A-715-

HOH

41A-717-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UPF0061 protein YdiU


分子量: 54794.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ydiU, BMT91_02235, NCTC9073_05692, PGD_01529, SAMEA3472078_00997, SAMEA3484419_01283, SAMEA3752562_01353, SAMEA3753069_03695, SAMEA3753077_01245
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024L327, UniProt: P77649*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2PN / IMIDODIPHOSPHORIC ACID / イミドジホスファ-ト


分子量: 176.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5NO6P2
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.8 M Sodium acetate PH7.0 0.1 M Bis-Tris propane PH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 32105 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.1 % / Net I/σ(I): 46.77
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.113→30.927 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 2000 6.23 %
Rwork0.2055 --
obs0.2084 32104 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.113→30.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3701 0 34 120 3855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.895199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.11392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1134-2.16620.36891330.2722012X-RAY DIFFRACTION93
2.1662-2.22480.3061350.27062023X-RAY DIFFRACTION95
2.2248-2.29020.33181350.25632024X-RAY DIFFRACTION95
2.2902-2.36410.33791340.25792032X-RAY DIFFRACTION95
2.3641-2.44860.25571370.25032067X-RAY DIFFRACTION96
2.4486-2.54660.32191400.25882104X-RAY DIFFRACTION97
2.5466-2.66240.31251410.24612109X-RAY DIFFRACTION98
2.6624-2.80270.31371430.23982160X-RAY DIFFRACTION99
2.8027-2.97820.30821440.23552185X-RAY DIFFRACTION100
2.9782-3.20790.30211460.22442184X-RAY DIFFRACTION100
3.2079-3.53030.25991470.20582216X-RAY DIFFRACTION100
3.5303-4.04020.24991490.17022235X-RAY DIFFRACTION100
4.0402-5.08660.19311510.16042290X-RAY DIFFRACTION100
5.0866-30.93080.20461650.19562463X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.6198 Å / Origin y: 41.9623 Å / Origin z: 167.5249 Å
111213212223313233
T0.5596 Å20.1178 Å2-0.1975 Å2-0.2686 Å20.0008 Å2--0.3933 Å2
L2.2211 °20.9488 °20.182 °2-2.2128 °20.3249 °2--1.6832 °2
S0.3477 Å °-0.0498 Å °-0.3835 Å °0.7782 Å °0.1029 Å °-0.4612 Å °0.1811 Å °0.1121 Å °-0.2764 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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