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万見
- PDB-6ihx: Crystal Structure Analysis of bovine Hemoglobin modified by SNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ihx
タイトルCrystal Structure Analysis of bovine Hemoglobin modified by SNP
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / heme binding / iron ion binding / Red blood cells / globin family
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / cellular oxidant detoxification / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding ...Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / cellular oxidant detoxification / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...: / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Kihira, K. / Morita, Y. / Yamada, T. / Kureishi, M. / Komatsu, T.
引用ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2018
タイトル: Quaternary Structure Analysis of a Hemoglobin Core in Hemoglobin-Albumin Cluster.
著者: Morita, Y. / Yamada, T. / Kureishi, M. / Kihira, K. / Komatsu, T.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,09612
ポリマ－61,5184
非ポリマー2,5788
水12,268681
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.117, 78.132, 109.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALTYRTYRAA1 - 1401 - 140
21VALVALTYRTYRCC1 - 1401 - 140
12LEULEUARGARGBB3 - 1442 - 143
22LEULEUARGARGDD3 - 1442 - 143

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 14919.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01966
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15839.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02070
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.9
詳細: 25% PEG3,500, 0.2M potassium thiocyanate, 0.1M MES pH6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 96527 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.46-1.497.40.83347590.7280.320.8970.52799.7
1.49-1.517.70.70848130.8080.2660.7590.54399.8
1.51-1.547.90.60647470.840.2250.6490.58899.9
1.54-1.5780.51947930.8770.1910.5550.62599.6
1.57-1.6180.4447690.8970.1610.470.66799.5
1.61-1.647.80.36747730.9210.1370.3930.71899.2
1.64-1.697.50.3247260.9340.1220.3440.75398.1
1.69-1.738.80.27547980.9550.0970.2930.7899.8
1.73-1.788.80.22748160.9660.080.2410.86899.8
1.78-1.848.80.19748060.9710.0690.2090.9699.8
1.84-1.918.70.16947940.9780.060.181.05199.6
1.91-1.988.60.14447890.9840.0520.1541.02699
1.98-2.078.70.12347900.9860.0440.1311.06598.8
2.07-2.189.60.10948110.990.0370.1161.08699.6
2.18-2.329.60.148720.990.0340.1061.1399.8
2.32-2.59.40.0948270.9940.0310.0951.1599.3
2.5-2.759.20.0848490.9950.0270.0851.04999.2
2.75-3.1510.10.07349110.9960.0240.0771.0999.7
3.15-3.969.20.06349320.9970.0210.0671.04599.4
3.96-509.60.0651520.9980.020.0630.9399.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER2.5.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G09

1g09


解像度: 1.46→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.574 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 1951 2.1 %RANDOM
Rwork0.1453 ---
obs0.1464 92155 96.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.04 Å2 / Biso mean: 28.6 Å2 / Biso min: 12.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 0 180 681 5193
Biso mean--25.35 43.13 -
残基数----567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0144675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.7046381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0281.689941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1365569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11523.316193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.76615730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8881512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.59438964
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.1465143
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.36159364
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43400.08
12C43400.08
21B43660.11
22D43660.11
LS精密化 シェル解像度: 1.462→1.499 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 132 -
Rwork0.204 6074 -
all-6206 -
obs--87.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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