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万見
- PDB-6ihb: Adeno-Associated Virus 2 in complex with AAVR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ihb
タイトルAdeno-Associated Virus 2 in complex with AAVR
要素
  • Capsid protein VP1
  • Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
キーワードVIRUS / AAV2
機能・相同性
機能・相同性情報


proacrosomal vesicle fusion / response to auditory stimulus / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / flagellated sperm motility / T=1 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / trans-Golgi network / neuron migration / cytoplasmic vesicle ...proacrosomal vesicle fusion / response to auditory stimulus / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / flagellated sperm motility / T=1 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / trans-Golgi network / neuron migration / cytoplasmic vesicle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Golgi membrane / virion attachment to host cell / nucleolus / structural molecule activity / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / : / Dyslexia-associated protein KIAA0319 N-terminal domain / KIAA0319 C-terminal domain / MANSC domain / MANSC domain profile. / K319L-like, PKD domain / Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / : / Dyslexia-associated protein KIAA0319 N-terminal domain / KIAA0319 C-terminal domain / MANSC domain / MANSC domain profile. / K319L-like, PKD domain / Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Lou, Z.Y. / Zhang, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21572116 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Adeno-associated virus 2 bound to its cellular receptor AAVR.
著者: Ran Zhang / Lin Cao / Mengtian Cui / Zixian Sun / Mingxu Hu / Rouxuan Zhang / William Stuart / Xiaochu Zhao / Zirui Yang / Xueming Li / Yuna Sun / Shentao Li / Wei Ding / Zhiyong Lou / Zihe Rao /
要旨: Adeno-associated virus (AAV) is a leading vector for virus-based gene therapy. The receptor for AAV (AAVR; also named KIAA0319L) was recently identified, and the precise characterization of AAV-AAVR ...Adeno-associated virus (AAV) is a leading vector for virus-based gene therapy. The receptor for AAV (AAVR; also named KIAA0319L) was recently identified, and the precise characterization of AAV-AAVR recognition is in immediate demand. Taking advantage of a particle-filtering algorithm, we report here the cryo-electron microscopy structure of the AAV2-AAVR complex at 2.8 Å resolution. This structure reveals that of the five Ig-like polycystic kidney disease (PKD) domains in AAVR, PKD2 binds directly to the spike region of the AAV2 capsid adjacent to the icosahedral three-fold axis. Residues in strands B and E, and the BC loop of AAVR PKD2 interact directly with the AAV2 capsid. The interacting residues in the AAV2 capsid are mainly in AAV-featured variable regions. Mutagenesis of the amino acids at the AAV2-AAVR interface reduces binding activity and viral infectivity. Our findings provide insights into the biology of AAV entry with high-resolution details, providing opportunities for the development of new AAV vectors for gene therapy.
履歴
登録2018年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年3月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9672
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9672
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3462
ポリマ－92,3462
非ポリマー00
水00
1
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,540,748120
ポリマ－5,540,748120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 462 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,72910
ポリマ－461,72910
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein VP1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 554 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)554,07512
ポリマ－554,07512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / Adeno-associated virus receptor / AAVR


分子量: 10314.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0319L, AAVR, KIAA1837, PP791 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZA0
#2: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 82031.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス)
参照: UniProt: P03135
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1AAV2 in complex with AAVRCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Adeno-associated virus 2COMPLEX#21NATURAL
3AAVR PKD2COMPLEX#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス)648242
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16820 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0089271
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.95612643
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.8775455
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0571337
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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