PDB-6igs: Crystal structure of HPRT from F. tularensis with Zinc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6igs

タイトル

Crystal structure of HPRT from F. tularensis with Zinc

要素

Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / zinc / salvage pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Pavithra, G.C. / Kundapura, S.V. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypoxanthine phosphoribosyltransferase from Francisella tularensis
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6igs.cif.gz	277.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6igs.ent.gz	226.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6igs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6igs_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6igs_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	6igs_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	6igs_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ohpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vut-3 2vut-8 2vus-7 2vut-7 2vuu-1 2vus-4 2vuu-4 2vuu-5 2vuu-7 4zg8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

82.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.764, 90.193, 113.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hypoxanthine phosphoribosyltransferase 分子量: 20334.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: hpt / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0E2ZT88, UniProt: Q5NI77*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 % / Mosaicity: 0.845 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M lithium sulphate pH 7.0, 5mM ZnCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98011 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 44059 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.902 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	5.2	1.037	2.25	2183	0.671	0.513	1.16	0.77	100
2.19-2.23	4.7	0.77		2154	0.643	0.405	0.875	0.89	99.1
2.23-2.27	4.4	0.589		2114	0.636	0.31	0.669	1.656	98.3
2.27-2.32	5.2	0.81		2208	0.704	0.402	0.908	0.812	99.8
2.32-2.37	5	0.485		2173	0.826	0.243	0.545	0.788	99.8
2.37-2.42	5.3	0.424		2164	0.861	0.205	0.472	0.79	99.7
2.42-2.48	6	0.363		2181	0.93	0.164	0.399	0.778	99.9
2.48-2.55	6.4	0.341		2185	0.957	0.147	0.372	0.78	100
2.55-2.62	6.5	0.295		2195	0.95	0.127	0.322	0.793	100
2.62-2.71	6.5	0.242		2193	0.969	0.103	0.263	0.803	100
2.71-2.81	6.5	0.201		2195	0.972	0.086	0.219	0.812	100
2.81-2.92	6.5	0.15		2197	0.983	0.064	0.163	0.846	100
2.92-3.05	6.5	0.115		2203	0.989	0.049	0.125	0.955	100
3.05-3.21	6.4	0.096		2206	0.991	0.041	0.104	0.99	100
3.21-3.41	6.4	0.081		2217	0.991	0.035	0.089	1.05	100
3.41-3.68	5	0.067		2166	0.987	0.032	0.074	1.206	98.1
3.68-4.05	5.1	0.052		2207	0.995	0.025	0.057	1.019	98.5
4.05-4.63	5	0.043		2239	0.996	0.021	0.048	0.902	99.6
4.63-5.83	6.7	0.043		2279	0.997	0.018	0.047	0.942	100
5.83-37.24	6.6	0.04		2400	0.997	0.017	0.043	0.764	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0230	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OHP

3ohp

解像度: 2.16→37.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 9.79 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.2322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.196
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2324	1965	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1826	-	-	-
obs	0.1849	39247	92.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.39 Å² / B_iso mean: 30.268 Å² / B_iso min: 7.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→37.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5282	0	43	164	5489
B_iso mean	-	-	39.17	27.74	-
残基数	-	-	-	-	650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.014	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.86	1.666	7337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	1.636	11700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.577	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.018	23.141	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.032	15	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1028

LS精密化シェル

解像度: 2.155→2.211 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	96	-
R_work	0.207	1980	-
all	-	2076	-
obs	-	-	64.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0876	-0.2762	0.146	2.2632	-0.885	0.3783	0.0295	-0.0495	-0.0462	-0.357	0.028	0.1539	0.1228	-0.0399	-0.0575	0.0827	0.0104	-0.0287	0.0417	0.0342	0.0887	41.1287	58.5726	9.7768
2	0.1411	-0.0932	-0.2447	1.2794	-0.2364	0.5685	0.0141	-0.0076	-0.0072	0.0311	-0.0621	-0.002	-0.0399	0.0417	0.048	0.0049	-0.0048	-0.0103	0.0493	0.0196	0.076	44.6813	77.2766	21.6264
3	0.6469	0.0837	-0.5192	1.5108	0.3155	0.5723	-0.0602	0.0792	0.0178	0.2713	-0.0264	0.0236	0.1322	-0.0886	0.0866	0.0681	-0.0166	0.0167	0.0147	-0.0212	0.1439	86.7839	82.09	47.7995
4	0.8583	0.218	0.7935	1.6422	0.0969	0.8082	-0.0733	0.0603	-0.0484	-0.0297	0.029	0.0895	-0.0351	0.0182	0.0443	0.0232	-0.0235	0.0501	0.0242	-0.0536	0.1401	86.229	69.2439	28.7417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 177
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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