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- PDB-6igr: Crystal structure of S9 peptidase (S514A mutant in inactive state... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6igr
タイトルCrystal structure of S9 peptidase (S514A mutant in inactive state) from Deinococcus radiodurans R1
要素Acyl-peptide hydrolase, putative
キーワードHYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family
機能・相同性WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yadav, P. / Gaur, N.K. / Goyal, V.D. / Kumar, A. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-peptide hydrolase, putative
B: Acyl-peptide hydrolase, putative
C: Acyl-peptide hydrolase, putative
D: Acyl-peptide hydrolase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,0356
ポリマ－290,8514
非ポリマー1842
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, molecular weight of protein corresponds to 265 kDa based on the elution profile obtained by gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area84010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.415, 189.200, 121.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acyl-peptide hydrolase, putative


分子量: 72712.797 Da / 分子数: 4 / 変異: S514A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): plysS / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % / 解説: cuboid crystals (100-200 micron)
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.28
詳細: 40mM potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol
PH範囲: 5.0-5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年9月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.3 Å / Num. obs: 100840 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4992 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.454 / Rrim(I) all: 0.845 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YZM

5yzm


解像度: 2.6→39.756 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.11
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 4982 4.95 %random selection
Rwork0.2163 ---
obs0.2181 100744 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18284 0 12 369 18665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71125726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.49210814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.62960.35231730.31183244X-RAY DIFFRACTION100
2.6296-2.66050.3351610.30843150X-RAY DIFFRACTION100
2.6605-2.69290.35041590.30253208X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.7270.36411610.30513160X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.76290.33131540.27863234X-RAY DIFFRACTION100
2.7629-2.80070.30971800.27923177X-RAY DIFFRACTION100
2.8007-2.84070.3161740.27073208X-RAY DIFFRACTION100
2.8407-2.88310.31841670.26443227X-RAY DIFFRACTION100
2.8831-2.92810.29551250.25283137X-RAY DIFFRACTION100
2.9281-2.97610.30261870.25073204X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.02740.29261930.263167X-RAY DIFFRACTION100
3.0274-3.08250.32531670.26143222X-RAY DIFFRACTION100
3.0825-3.14170.30541690.24833133X-RAY DIFFRACTION100
3.1417-3.20580.29081970.24413196X-RAY DIFFRACTION100
3.2058-3.27550.27531850.24223159X-RAY DIFFRACTION100
3.2755-3.35170.26661770.24033211X-RAY DIFFRACTION100
3.3517-3.43540.27051560.22563134X-RAY DIFFRACTION100
3.4354-3.52830.29691480.23413262X-RAY DIFFRACTION99
3.5283-3.6320.24871690.21623139X-RAY DIFFRACTION99
3.632-3.74920.23141600.20753195X-RAY DIFFRACTION100
3.7492-3.88310.24671790.20343206X-RAY DIFFRACTION100
3.8831-4.03840.24021410.1893208X-RAY DIFFRACTION100
4.0384-4.2220.19191650.18423139X-RAY DIFFRACTION99
4.222-4.44430.20441730.17143187X-RAY DIFFRACTION99
4.4443-4.72230.19081710.16093186X-RAY DIFFRACTION99
4.7223-5.08630.1971450.16393239X-RAY DIFFRACTION99
5.0863-5.59690.18791600.17843190X-RAY DIFFRACTION100
5.5969-6.40390.20751760.19473221X-RAY DIFFRACTION100
6.4039-8.05710.23061720.20013185X-RAY DIFFRACTION99
8.0571-39.76020.25161380.19953234X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.3015 Å / Origin y: 46.061 Å / Origin z: -24.8579 Å
111213212223313233
T0.2867 Å2-0.0036 Å20.0165 Å2-0.316 Å20.0093 Å2--0.2954 Å2
L0.0217 °2-0.0232 °20.0321 °2-0.3606 °2-0.1095 °2--0.0896 °2
S0.0102 Å °0.0042 Å °-0.0159 Å °-0.07 Å °0.0248 Å °0.0245 Å °0.0153 Å °-0.0368 Å °-0.0365 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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