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- PDB-6ifw: crystal structure of chimeric construct of KsgA with loop 1 from erm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ifw
タイトルcrystal structure of chimeric construct of KsgA with loop 1 from erm
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
キーワードTRANSFERASE / Chimera / erythromycin / resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bhujbalrao, R. / Anand, R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (India)SERB/F/4395/2016-17 インド
Other government20150237B02RP00614-BRNS インド
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Deciphering Determinants in Ribosomal Methyltransferases That Confer Antimicrobial Resistance.
著者: Bhujbalrao, R. / Anand, R.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4232
ポリマ－61,4232
非ポリマー00
水19811
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7111
ポリマ－30,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7111
ポリマ－30,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.220, 81.000, 120.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine ...16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine transferase / 16S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 30711.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rsmA, ksgA, BSU00420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37468, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4% Tacsimate, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 15977 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 27.76
反射 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 4.25 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化解像度: 2.95→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 21.065 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29418 775 6 %RANDOM
Rwork0.20059 ---
obs0.20622 12167 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.568 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 0 11 3794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9815249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99238704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8245485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39525.904166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.46515700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0161515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1956.351952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1946.3481951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6639.5082433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6639.5092434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9266.8061914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9196.8021912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.47510.0682816
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.94276.1864023
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.94176.1744023
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 55 -
Rwork0.286 895 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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