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万見
- PDB-6ifm: Crystal structure of DNA bound VapBC from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ifm
タイトルCrystal structure of DNA bound VapBC from Salmonella typhimurium
要素
  • Antitoxin VapB
  • DNA backward (27-MER)
  • DNA forward (27-MER)
  • tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードTOXIN/ANTITOXIN/DNA / Toxin-Antitoxin / TOXIN-ANTITOXIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily ...Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Ribbon / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin VapB / tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Park, D.W. / Lee, B.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2018R1A2A1A19018526 韓国
National Research Foundation (Korea)2018R1A5A2024425 韓国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of proteolyzed VapBC and DNA-bound VapBC from Salmonella enterica Typhimurium LT2 and VapC as a putative Ca2+-dependent ribonuclease.
著者: Park, D. / Yoon, H.J. / Lee, K.Y. / Park, S.J. / Cheon, S.H. / Lee, H.H. / Lee, S.J. / Lee, B.J.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
E: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
G: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: Antitoxin VapB
F: Antitoxin VapB
H: Antitoxin VapB
D: Antitoxin VapB
M: DNA forward (27-MER)
N: DNA backward (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,12810
ポリマ－107,12810
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33370 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area38230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.677, 93.677, 122.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 14957.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: vapC, STM3033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8ZM86, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質
Antitoxin VapB


分子量: 7677.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: vapB, STM3034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CPV2
#3: DNA鎖 DNA forward (27-MER)


分子量: 8176.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA backward (27-MER)


分子量: 8412.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium citrate tribasic pH7, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 29329 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.886 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 9280 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.804→48.867 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 24.59 / 位相誤差: 23.28
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 1469 5.01 %
Rwork0.2063 --
obs0.2105 29329 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→48.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6340 1107 0 149 7596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08910642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3734445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.805-2.90530.27821440.20172723X-RAY DIFFRACTION93
2.9053-3.02160.22441480.19432818X-RAY DIFFRACTION95
3.0216-3.15910.23531450.21862759X-RAY DIFFRACTION95
3.1591-3.32560.2651480.21692802X-RAY DIFFRACTION95
3.3256-3.53390.27061450.23042758X-RAY DIFFRACTION95
3.5339-3.80660.26751480.21962806X-RAY DIFFRACTION95
3.8066-4.18950.23891480.21852813X-RAY DIFFRACTION95
4.1895-4.79530.21141470.1922792X-RAY DIFFRACTION95
4.7953-6.03980.20471460.21162777X-RAY DIFFRACTION95
6.0398-48.87480.21741480.1972807X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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