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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ifc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of VapBC from Salmonella typhimurium | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN/ANTITOXIN / Toxin-Antitoxin / TOXIN-ANTITOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA nuclease activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Park, D.W. / Lee, B.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Faseb J. / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of proteolyzed VapBC and DNA-bound VapBC from Salmonella enterica Typhimurium LT2 and VapC as a putative Ca2+-dependent ribonuclease. 著者: Park, D. / Yoon, H.J. / Lee, K.Y. / Park, S.J. / Cheon, S.H. / Lee, H.H. / Lee, S.J. / Lee, B.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ifc.cif.gz | 139.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ifc.ent.gz | 108.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ifc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14957.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: vapC, STM3033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8ZM86, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2537.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: vapB, STM3034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CPV2 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3247.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: vapB, STM3034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CPV2 #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS/ Sodium hydroxide pH 10.5, 2M Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→57.47 Å / Num. obs: 38222 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 25.61 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TND 解像度: 1.99→57.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.751 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.647 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.99→57.47 Å
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拘束条件 |
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