[日本語] English
万見
- PDB-6ifb: Structure of rhamnose bound beta-trefoil lectin from Entamoeba hi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ifb
タイトルStructure of rhamnose bound beta-trefoil lectin from Entamoeba histolytica
要素lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-trefoil / lectin / Entamoeba histolytica / rhamnose
機能・相同性Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / carbohydrate binding / ISOPROPYL ALCOHOL / beta-L-rhamnopyranose / Ricin-type beta-trefoil lectin domain containing protein
機能・相同性情報
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Suguna, K. / Khan, F.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of a beta-trefoil lectin from Entamoeba histolytica in monomeric and a novel disulfide bond-mediated dimeric forms.
著者: Khan, F. / Kurre, D. / Suguna, K.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: lectin
B: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3199
ポリマ－30,6262
非ポリマー6937
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.194, 62.377, 67.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 lectin


分子量: 15313.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: N9TFI9*PLUS
#2: 糖 ChemComp-RM4 / beta-L-rhamnopyranose / beta-L-rhamnose / 6-deoxy-beta-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / β-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% iso-propanol, 0.1M MES monohydrate, pH 6.0, 20% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→45.78 Å / Num. obs: 50944 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.47 % / Net I/σ(I): 14.58
反射 シェル解像度: 1.37→1.419 Å / 冗長度: 7.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7723 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDS2018-04-27データ削減
XDS2018-04-27データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→45.78 Å / SU ML: 0.2458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.6638
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1766 2547 5 %
Rwork0.1575 --
obs0.159 48389 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→45.78 Å
詳細: number_atoms_total and pdbx_number_atoms_protein has been changed as author requested
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 46 193 2331
Biso mean--27.38 33.05 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0142184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.6692969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5781.6674482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7615268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33923.525122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50115360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8341512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8181.6221051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8131.6221050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6432.4311313
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.41 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 164 -
Rwork0.325 3111 -
obs--87.47 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る