PDB-6ifa: Structure of beta-trefoil lectin from Entamoeba histolytica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ifa

タイトル

Structure of beta-trefoil lectin from Entamoeba histolytica

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-trefoil / lectin / Entamoeba histolytica

機能・相同性

Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / carbohydrate binding / ISOPROPYL ALCOHOL / Ricin-type beta-trefoil lectin domain containing protein

機能・相同性情報

生物種

Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Suguna, K. / Khan, F.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of a beta-trefoil lectin from Entamoeba histolytica in monomeric and a novel disulfide bond-mediated dimeric forms.
著者: Khan, F. / Kurre, D. / Suguna, K.

履歴

登録	2018年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ifa.cif.gz	113.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ifa.ent.gz	71.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ifa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ifa_validation.pdf.gz	463.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ifa_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	6ifa_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	6ifa_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ifbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ifb-d 4aj6-d 3d78-d 5cdw-8 3d73-d 5cdw-1 6lyx-d 5g30-2 3del-2 2itj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: lectin

B: lectin

C: lectin

ヘテロ分子

45 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lectin

B: lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: lectin

ヘテロ分子

C: lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.732, 101.732, 183.996
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	lectin 分子量: 14677.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: N9TFI9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% iso-propanol, 0.1M MES monohydrate, pH 6.0, 20% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46 Å / Num. obs: 38368 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.23 % / B_iso Wilson estimate: 27.15 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.88
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 12.43 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 6102 / CC_1/2: 0.84 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
REFMAC	5	精密化
XDS	2018-04-27	データ削減
XDS	2018-04-27	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→46 Å / SU ML: 0.2458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.6638

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2364	1917	5 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1962	38304	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3027	0	66	171	3264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	3194
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8013	4332
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0608	471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.5465	2596

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3459	135	-
R_work	0.2807	2558	-
obs	-	-	99.8 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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