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- PDB-6if8: Aeromonas hydrophila MtaN-2 complexed with adenine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6if8
タイトルAeromonas hydrophila MtaN-2 complexed with adenine
要素5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) / MtaN-2 / Complex / Adenine (アデニン) / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニン / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, J. / Liu, W. / Wang, L. / Shang, F. / Lan, J. / Chen, Y. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200556 中国
National Natural Science Foundation of China21272031 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aeromonas hydrophila MtaN-2 complexed with adenine
著者: Chen, J. / Liu, W. / Wang, L. / Shang, F. / Lan, J. / Chen, Y. / Xu, Y.
履歴
登録2018年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5428
ポリマ－113,0024
非ポリマー5414
水12,250680
1
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7714
ポリマ－56,5012
非ポリマー2702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
2
C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7714
ポリマ－56,5012
非ポリマー2702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.939, 74.939, 185.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase ...MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase / SRH nucleosidase


分子量: 28250.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (strain ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240) (エロモナス・ハイドロフィラ)
株: ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240
遺伝子: mtnN, mtnN-2, AHA_1706 / プラスミド: pPROEX-HTA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0KIZ1, アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M Magnesium sulfate, 0.1M TRIS hydrochloride, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 76730 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.185 / Net I/σ(I): 25.64
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 3820 / Rpim(I) all: 0.287 / % possible all: 93.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WKB

4wkb


解像度: 2→32.45 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 2001 2.61 %
Rwork0.153 --
obs0.154 76717 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6748 0 40 680 7468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6442506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061070
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.05020.28151270.24955011X-RAY DIFFRACTION93
2.0502-2.10570.25591430.235346X-RAY DIFFRACTION97
2.1057-2.16760.27821410.21055307X-RAY DIFFRACTION97
2.1676-2.23750.2361410.19095368X-RAY DIFFRACTION98
2.2375-2.31750.24921460.1795355X-RAY DIFFRACTION98
2.3175-2.41030.20081380.16145377X-RAY DIFFRACTION98
2.4103-2.51990.21761500.1645165X-RAY DIFFRACTION95
2.5199-2.65270.19811430.1565427X-RAY DIFFRACTION99
2.6527-2.81880.20281500.15215431X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03630.17951440.1495439X-RAY DIFFRACTION100
3.0363-3.34160.21241440.15025450X-RAY DIFFRACTION100
3.3416-3.82450.14731470.145345X-RAY DIFFRACTION98
3.8245-4.81590.16781460.12115257X-RAY DIFFRACTION96
4.8159-32.45380.17571410.14925438X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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