PDB-6ie7: Crystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 1-2 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ie7

タイトル

Crystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 1-2 in complex with H3K9me2

要素

Agenet domain-containing protein
H3K9me2 peptide

キーワード

TRANSLATION / Agenet domain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / chromosome, centromeric region / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / histone binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: ADCP1-tandem Agenet domain 1-2 in complex wit h H3K9me2
著者: Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.

履歴

登録	2018年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ie7.cif.gz	126 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ie7.ent.gz	102.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ie7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ie7_validation.pdf.gz	492.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ie7_full_validation.pdf.gz	510 KB	表示
XML形式データ	6ie7_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	6ie7_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ie4C 6ie5C 6ie6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ie4-2 6onu-3 6onu-2 6ie4-1 6tqs-6 2xcj-d 3hnq-4 3m6o-2 1af5-d 3pn6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Agenet domain-containing protein

E: H3K9me2 peptide

B: Agenet domain-containing protein

F: H3K9me2 peptide

C: Agenet domain-containing protein

G: H3K9me2 peptide

D: Agenet domain-containing protein

H: H3K9me2 peptide

ヘテロ分子

75.1 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Agenet domain-containing protein

E: H3K9me2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
18.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Agenet domain-containing protein

F: H3K9me2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Agenet domain-containing protein

G: H3K9me2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Agenet domain-containing protein

H: H3K9me2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.472, 111.338, 68.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid AA
2	1	chain B and segid BA
3	1	chain C and segid CA
4	1	chain D and segid DA
1	2	chain E and segid E
2	2	chain F and segid F
3	2	chain G and segid G
4	2	chain H and segid H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid AA	A
2	1	1	chain B and segid BA	B
3	1	1	chain C and segid CA	C
4	1	1	chain D and segid DA	D
1	1	2	chain E and segid E	E
2	1	2	chain F and segid F	F
3	1	2	chain G and segid G	G
4	1	2	chain H and segid H	H

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Agenet domain-containing protein 分子量: 17484.787 Da / 分子数: 4 / 断片: Agenet domain, UNP residues 31-177 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ADCP1 / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q500V5
#2: タンパク質・ペプチド	H3K9me2 peptide 分子量: 1278.482 Da / 分子数: 4 / 断片: H3 peptide 1-15, K9 dimethylation / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized H3K9me1 peptide 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 28% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 15173 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.907 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 38448

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	2.5	0.295	808	0.895	0.209	0.363	0.482	91.9
2.75-2.8	2.6	0.26	742	0.925	0.183	0.32	0.458	92.1
2.8-2.85	2.5	0.243	794	0.906	0.173	0.3	0.526	92.1
2.85-2.91	2.5	0.209	783	0.932	0.148	0.258	0.524	92.2
2.91-2.97	2.5	0.176	787	0.95	0.125	0.217	0.524	91.2
2.97-3.04	2.6	0.149	749	0.972	0.106	0.183	0.54	91.5
3.04-3.12	2.5	0.12	769	0.983	0.085	0.148	0.526	91.2
3.12-3.2	2.5	0.113	766	0.977	0.082	0.141	0.677	88.5
3.2-3.3	2.5	0.095	747	0.984	0.067	0.117	0.823	90.1
3.3-3.4	2.5	0.075	752	0.991	0.052	0.091	0.783	88
3.4-3.52	2.5	0.076	742	0.992	0.055	0.094	0.949	87.1
3.52-3.66	2.3	0.066	670	0.994	0.05	0.083	1.066	80.7
3.66-3.83	2.5	0.068	775	0.992	0.048	0.084	1.045	88.8
3.83-4.03	2.6	0.06	767	0.994	0.041	0.073	1.119	92.4
4.03-4.29	2.6	0.052	792	0.994	0.036	0.063	1.32	91.6
4.29-4.62	2.6	0.049	772	0.995	0.034	0.06	1.503	90.1
4.62-5.08	2.6	0.049	766	0.992	0.034	0.06	1.302	90.9
5.08-5.81	2.6	0.05	754	0.993	0.035	0.062	1.064	88.3
5.81-7.32	2.5	0.045	682	0.995	0.034	0.057	1.228	79
7.32-50	2.7	0.04	756	0.996	0.028	0.049	1.617	85.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→33.908 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	810	5.35 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1935	15139	88.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.78 Å² / B_iso mean: 44.7679 Å² / B_iso min: 16.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→33.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4658	0	20	49	4727
B_iso mean	-	-	46.52	36.57	-
残基数	-	-	-	-	568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4770
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.258	6410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	809
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.345	1799

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2555	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
1	2	B	2555	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
1	3	C	2555	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
1	4	D	2555	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
2	1	E	157	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
2	2	F	157	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
2	3	G	157	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL
2	4	H	157	X-RAY DIFFRACTION	13.489	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7001-2.8692	0.3494	141	0.2531	2420	2561	91
2.8692-3.0906	0.3144	152	0.2311	2424	2576	91
3.0906-3.4013	0.2588	137	0.1954	2387	2524	89
3.4013-3.8929	0.2665	141	0.1843	2292	2433	86
3.8929-4.9023	0.2135	112	0.1591	2487	2599	91
4.9023-33.9106	0.2254	127	0.1898	2319	2446	85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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