PDB-6ie6: Crystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 3-4 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ie6

タイトル

Crystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 3-4 in complex with H3K9me2

要素

Agenet domain-containing protein
H3K9me2

キーワード

TRANSLATION / Agenet domain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / chromosome, centromeric region / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / histone binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: ADCP1-tandem Agenet domain 1-2 in complex wit h H3K9me2
著者: Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.

履歴

登録	2018年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ie6.cif.gz	82.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ie6.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ie6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ie6_validation.pdf.gz	296.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ie6_full_validation.pdf.gz	298.8 KB	表示
XML形式データ	6ie6_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ie4C 6ie5C 6ie7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1iac-d 3r8j-1 4pnr-1 1iaa-d 4tk5-4 4pml-1 4pnl-1 5wa6-d 1ast-d 4kft-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Agenet domain-containing protein

P: H3K9me2

19.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.891, 56.891, 210.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	P-1- ALA
2	1	A-300- HOH
3	1	A-314- HOH

#1: タンパク質	Agenet domain-containing protein / At1g09320 分子量: 18166.379 Da / 分子数: 1 / 断片: Agenet domain, UNP residues 201-355 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ADCP1 / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q500V5
#2: タンパク質・ペプチド	H3K9me2 分子量: 1177.378 Da / 分子数: 1 / 断片: H3 peptide 1-15, K9 dimethylation / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized H3K9me2 peptide 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M Ammonium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 22285 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.955 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 129592

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	6.1	0.724	1096	0.793	0.309	0.79	0.539	97
1.73-1.76	5.9	0.532	1110	0.869	0.232	0.583	0.523	99.2
1.76-1.79	5.6	0.434	1087	0.889	0.197	0.478	0.566	95.9
1.79-1.83	6.4	0.376	1106	0.943	0.157	0.409	0.619	97.1
1.83-1.87	6.6	0.307	1094	0.954	0.126	0.334	0.714	99.1
1.87-1.91	5.8	0.308	1083	0.935	0.135	0.338	1.018	95.2
1.91-1.96	5.9	0.26	1103	0.953	0.112	0.285	1.327	96.2
1.96-2.02	6.2	0.195	1125	0.976	0.082	0.213	1.158	99.4
2.02-2.07	5.8	0.195	1083	0.971	0.086	0.214	1.683	95.7
2.07-2.14	5.9	0.157	1086	0.984	0.067	0.171	1.689	94.6
2.14-2.22	5.8	0.134	1103	0.986	0.058	0.147	1.813	96.5
2.22-2.31	4.7	0.13	954	0.982	0.062	0.145	2.48	83.1
2.31-2.41	5.4	0.11	1118	0.987	0.051	0.122	2.319	96.3
2.41-2.54	4.7	0.099	1125	0.991	0.048	0.111	2.85	97.1
2.54-2.7	5.6	0.094	1130	0.99	0.042	0.104	2.96	96.1
2.7-2.91	5.9	0.079	1131	0.993	0.034	0.087	3.304	96.1
2.91-3.2	5.9	0.066	1154	0.997	0.028	0.072	3.458	97.4
3.2-3.66	6	0.059	1149	0.997	0.025	0.064	3.421	95.4
3.66-4.61	5.9	0.051	1141	0.998	0.021	0.055	3.274	92.8
4.61-50	6.3	0.053	1307	0.997	0.022	0.058	3.511	94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→31.963 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	2217	9.96 %
R_work	0.1862	20051	-
obs	0.1906	22268	96.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.12 Å² / B_iso mean: 48.1525 Å² / B_iso min: 22.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→31.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1298	0	0	168	1466
B_iso mean	-	-	-	53.92	-
残基数	-	-	-	-	160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	1790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.935	495

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7005-1.7375	0.3254	133	0.2584	1229	1362	97
1.7375-1.7779	0.3297	142	0.2612	1223	1365	96
1.7779-1.8223	0.2799	121	0.2464	1274	1395	100
1.8223-1.8716	0.2585	137	0.2246	1223	1360	97
1.8716-1.9267	0.2918	153	0.2583	1203	1356	96
1.9267-1.9888	0.2663	159	0.2221	1215	1374	97
1.9888-2.0599	0.27	163	0.2113	1227	1390	97
2.0599-2.1424	0.2455	139	0.2159	1214	1353	95
2.1424-2.2399	0.2476	122	0.1988	1217	1339	94
2.2399-2.3579	0.2483	125	0.2034	1172	1297	90
2.3579-2.5056	0.2566	128	0.2029	1256	1384	96
2.5056-2.699	0.2758	132	0.2058	1279	1411	97
2.699-2.9704	0.2475	127	0.1969	1289	1416	97
2.9704-3.3998	0.2088	152	0.1786	1293	1445	98
3.3998-4.2817	0.1793	125	0.1484	1298	1423	93
4.2817-31.9687	0.2221	159	0.1711	1439	1598	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8369	0.3014	-1.1818	2.7754	-1.4821	6.1839	-0.3165	-0.0092	-0.4972	0.1873	0.2515	0.1258	0.3222	0.0093	0.0973	0.283	-0.0437	0.0213	0.2269	0.053	0.2759	-17.2718	-28.8952	-8.2083
2	5.4003	2.0522	-2.7576	4.5977	1.4028	4.4439	-0.5017	1.3264	-1.234	-1.2464	0.4601	-1.5572	0.9099	1.648	0.131	0.618	0.1326	0.1484	0.7544	-0.0119	0.5998	-1.5603	-21.8584	-12.8214
3	8.7035	3.9883	0.7229	2.1678	0.7305	8.1148	-0.0519	0.4419	-0.4865	-0.0509	0.1027	-0.1345	0.9302	-0.1384	0.0202	0.4055	-0.0189	-0.0529	0.2451	0.0477	0.3076	-16.5301	-23.5001	-18.0209
4	3.2963	2.1588	-1.4491	7.7673	-6.2804	7.9588	-0.1219	0.3099	-0.0845	-0.49	-0.1264	-0.1367	0.2055	0.2316	0.3362	0.2563	0.0138	-0.0184	0.271	0.0367	0.2554	-11.1123	-18.2564	-18.8208
5	6.9455	7.3718	6.3262	8.1211	6.5226	5.7563	-0.2951	-1.379	1.623	0.5152	-0.6752	0.96	-0.0222	-1.0031	0.881	0.4388	0.0974	0.0378	0.5657	-0.0316	0.4256	-8.6764	-11.706	5.3601
6	5.01	0.103	1.8962	5.2407	1.7129	7.6088	-0.1037	0.2889	0.0877	0.0159	0.305	-0.1755	0	0.3337	-0.1683	0.268	-0.0192	-0.0318	0.2297	0.0822	0.2518	1.1	-10.7722	-1.711
7	6.6144	6.9632	1.4161	8.9146	1.6345	1.0284	0.246	-0.5372	-0.3612	0.3002	-0.3531	-0.2286	0.0097	-0.1203	0.1046	0.3931	-0.0113	-0.0224	0.2941	0.1343	0.2799	-6.1907	-16.6339	0.5544
8	4.3265	2.766	4.6399	7.6075	0.5238	5.9792	0.0345	3.2652	-0.3063	-0.5957	0.13	0.5754	-0.718	1.9213	0.0332	0.7416	0.1103	-0.0619	1.504	0.1842	0.7929	-0.1609	-13.0075	-18.221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 34 )	A	11 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 45 )	A	35 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 63 )	A	46 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 86 )	A	64 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 100 )	A	87 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 132 )	A	101 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 133 through 157 )	A	133 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'P' and (resid 1 through 10 )	P	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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