PDB-6ie1: Crystal Structure of ELMO2(Engulfment and cell motility protein 2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ie1

タイトル

Crystal Structure of ELMO2(Engulfment and cell motility protein 2)

要素

Engulfment and cell motility protein 2

キーワード

CELL ADHESION / Adhesion GPCR / BAI1-ELMO2 Complex / scaffold protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOG GTPase cycle / phagocytosis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / actin filament organization / cell chemotaxis / FCGR3A-mediated phagocytosis / cell motility / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Weng, Z.F. / Lin, L. / Zhang, R.G. / Zhu, J.W.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of BAI1/ELMO2 complex reveals an action mechanism of adhesion GPCRs via ELMO family scaffolds
著者: Weng, Z. / Situ, C. / Lin, L. / Wu, Z. / Zhu, J. / Zhang, R.

履歴

登録	2018年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ie1.cif.gz	211.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ie1.ent.gz	169.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ie1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6idxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ub4-d 6idx-d 5t35-1 3nn0-1 3grl-d 4nts-d 5ub7-d 6sis-2 3gq2-2 6sis-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Engulfment and cell motility protein 2

ヘテロ分子

60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.182, 119.134, 169.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Engulfment and cell motility protein 2 分子量: 59803.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-513 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELMO2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96JJ3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium malonate pH 4.0, 12%PEG3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 27341 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 55.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.469 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.48-2.52	12.4	0.92	1366	0.898	0.269	0.96	0.437	99.8
2.52-2.57	12.9	0.721	1323	0.939	0.207	0.751	0.429	100
2.57-2.62	12.7	0.685	1372	0.936	0.197	0.713	0.427	100
2.62-2.67	12.7	0.56	1319	0.964	0.162	0.584	0.438	99.9
2.67-2.73	12.7	0.503	1359	0.97	0.145	0.524	0.435	99.9
2.73-2.79	12.8	0.399	1339	0.976	0.115	0.416	0.447	99.9
2.79-2.86	12.6	0.343	1366	0.985	0.1	0.358	0.439	99.9
2.86-2.94	12.7	0.306	1362	0.984	0.089	0.319	0.45	99.9
2.94-3.03	12.7	0.235	1340	0.992	0.068	0.245	0.45	100
3.03-3.12	12.4	0.176	1346	0.994	0.052	0.184	0.465	100
3.12-3.24	12.1	0.148	1360	0.996	0.044	0.154	0.485	100
3.24-3.37	11.2	0.114	1367	0.998	0.036	0.12	0.498	100
3.37-3.52	12.3	0.09	1368	0.998	0.027	0.094	0.519	99.6
3.52-3.7	11.8	0.07	1360	0.998	0.021	0.073	0.529	100
3.7-3.94	13.4	0.06	1360	0.999	0.017	0.062	0.545	99.9
3.94-4.24	13.4	0.05	1377	0.999	0.014	0.052	0.55	100
4.24-4.67	13.6	0.044	1374	0.999	0.012	0.045	0.543	100
4.67-5.34	13.1	0.04	1389	0.999	0.011	0.042	0.475	100
5.34-6.73	12.1	0.041	1408	0.999	0.012	0.043	0.416	100
6.73-50	12.9	0.03	1486	0.999	0.009	0.032	0.392	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
d*TREK		データ削減
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.48→42.331 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	1372	5.03 %
R_work	0.2057	-	-
obs	0.2074	27297	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 220.37 Å² / B_iso mean: 71.12 Å² / B_iso min: 40.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.48→42.331 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3958	0	12	26	3996
B_iso mean	-	-	94.52	59.14	-
残基数	-	-	-	-	508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.733	5477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.311	1494

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4796-2.5682	0.3047	138	0.2897	2497	2635	97
2.5682-2.671	0.3003	129	0.2818	2559	2688	100
2.671-2.7925	0.3328	134	0.2937	2579	2713	100
2.7925-2.9397	0.374	127	0.2821	2592	2719	100
2.9397-3.1238	0.3232	148	0.2759	2552	2700	100
3.1238-3.3649	0.2991	128	0.2647	2594	2722	100
3.3649-3.7034	0.2536	136	0.2301	2595	2731	100
3.7034-4.2389	0.2254	159	0.1883	2584	2743	100
4.2389-5.3388	0.1866	150	0.1643	2613	2763	100
5.3388-42.3376	0.1845	123	0.1525	2760	2883	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 55.9743 Å / Origin y: 56.6634 Å / Origin z: 72.9737 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3896 Å²	-0.0247 Å²	-0.0422 Å²	-	0.5725 Å²	-0.0633 Å²	-	-	0.4466 Å²
L	0.8853 °²	0.7685 °²	-0.8905 °²	-	0.9448 °²	-0.6009 °²	-	-	0.8236 °²
S	0.0137 Å °	0.0566 Å °	0.0594 Å °	0.01 Å °	0.0545 Å °	0.0761 Å °	-0.101 Å °	0.0131 Å °	-0.0499 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	6 - 513
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 2
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 33

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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