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- PDB-6ie0: X-ray crystal structure of 2R,3R-butanediol dehydrogenase from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ie0
タイトルX-ray crystal structure of 2R,3R-butanediol dehydrogenase from Bacillus subtilis
要素(R,R)-butanediol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(R,R)-butanediol dehydrogenase / (R,R)-butanediol dehydrogenase activity / zinc ion binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-butanediol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.976 Å
データ登録者Wang, X.F. / Feng, Y.B. / Ji, F.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)21506025 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of 2R,3R-butanediol dehydrogenase from Bacillus subtilis
著者: Wang, X.F. / Feng, Y.B. / Ji, F.L.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (R,R)-butanediol dehydrogenase
B: (R,R)-butanediol dehydrogenase
C: (R,R)-butanediol dehydrogenase
D: (R,R)-butanediol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,1498
ポリマ－149,8874
非ポリマー2624
水00
1
A: (R,R)-butanediol dehydrogenase
C: (R,R)-butanediol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0744
ポリマ－74,9442
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
2
B: (R,R)-butanediol dehydrogenase
D: (R,R)-butanediol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0744
ポリマ－74,9442
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area27560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.839, 200.839, 83.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
(R,R)-butanediol dehydrogenase / 2R / 3R-butanediol dehydrogenase


分子量: 37471.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O34788, (R,R)-butanediol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG3350, magnesium formate dihydrate, BOG

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.976→48.711 Å / Num. obs: 34586 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 25.9 % / Net I/σ(I): 33.93
反射 シェル解像度: 2.976→3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.976→48.711 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 1793 5.18 %
Rwork0.172 --
obs0.1749 34586 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.976→48.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10548 0 4 0 10552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90914560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8146452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9763-3.05680.3311340.24372380X-RAY DIFFRACTION94
3.0568-3.14670.32791290.23672425X-RAY DIFFRACTION96
3.1467-3.24830.3251480.21752464X-RAY DIFFRACTION98
3.2483-3.36440.2681540.21382491X-RAY DIFFRACTION98
3.3644-3.4990.27221370.19772534X-RAY DIFFRACTION99
3.499-3.65820.27971370.19862528X-RAY DIFFRACTION99
3.6582-3.8510.22411450.17582537X-RAY DIFFRACTION99
3.851-4.09220.22641150.17222563X-RAY DIFFRACTION99
4.0922-4.40790.20281260.13922586X-RAY DIFFRACTION99
4.4079-4.85120.17311300.12982579X-RAY DIFFRACTION99
4.8512-5.55230.20611350.1442559X-RAY DIFFRACTION98
5.5523-6.9920.22561490.17632552X-RAY DIFFRACTION97
6.992-48.71710.16311540.15532595X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -48.9285 Å / Origin y: -1.7215 Å / Origin z: 13.9582 Å
111213212223313233
T0.2344 Å2-0.0003 Å2-0.0425 Å2-0.2447 Å20.0087 Å2--0.2649 Å2
L0.2948 °20.0516 °2-0.0512 °2-0.3438 °20.0633 °2--0.6505 °2
S0.0105 Å °-0.0149 Å °-0.0089 Å °-0.0321 Å °-0.0019 Å °0.0954 Å °0.1006 Å °-0.2221 Å °-0.0055 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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