PDB-6idp: Crystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN in the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6idp

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN in the straight form

要素

MATE family efflux transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MATE multidrug transporter

機能・相同性

(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.205 Å

データ登録者

Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of H+-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE Transporter.
著者: Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O.

履歴

登録	2018年9月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6idp.cif.gz	187.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6idp.ent.gz	148.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6idp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6idp_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6idp_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6idp_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	6idp_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6idrC 6idsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ukc-2 4z3n-d 2dkb-d 1zod-d 1qih-d 4uhl-3 4pqe-d 6c9d-1 3tbg-4 1qik-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MATE family efflux transporter

ヘテロ分子

54.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.225, 92.027, 101.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MATE family efflux transporter / VcmN 分子量: 47523.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CGT79_05080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A1YWE9
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG500DME, Tris-HCl, magnesium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→46.014 Å / Num. obs: 29962 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.005 % / B_iso Wilson estimate: 34.42 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 10.51 / Num. measured all: 209892

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.21-2.34	5.69	1.269	1.37	26487	4757	4655	0.539	1.397	97.9
2.34-2.5	7.275	0.863	2.34	32803	4510	4509	0.797	0.93	100
2.5-2.7	7.371	0.547	3.78	30938	4197	4197	0.897	0.589	100
2.7-2.96	7.361	0.34	5.91	28509	3873	3873	0.962	0.366	100
2.96-3.3	7.324	0.224	8.91	25891	3535	3535	0.981	0.241	100
3.3-3.81	7.291	0.119	16.17	22734	3118	3118	0.993	0.128	100
3.81-4.66	7.144	0.068	26.65	19109	2680	2675	0.998	0.073	99.8
4.66-6.56	7.075	0.061	27.73	15034	2125	2125	0.998	0.066	100
6.56-46.014	6.578	0.035	37	8387	1282	1275	0.999	0.038	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.205→46.014 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	1999	6.68 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.2008	29907	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.73 Å² / B_iso mean: 47.1673 Å² / B_iso min: 19.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.205→46.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3316	0	195	89	3600
B_iso mean	-	-	59.33	45.36	-
残基数	-	-	-	-	438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3571
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.782	4791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	565
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	567
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.306	1286

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2051-2.2603	0.3291	133	0.299	1871	2004	95
2.2603-2.3214	0.2977	141	0.2693	1961	2102	100
2.3214-2.3897	0.2793	140	0.2439	1965	2105	100
2.3897-2.4668	0.2755	143	0.2327	1984	2127	100
2.4668-2.555	0.2807	140	0.2076	1960	2100	100
2.555-2.6573	0.2174	142	0.1905	1976	2118	100
2.6573-2.7782	0.2273	143	0.19	1984	2127	100
2.7782-2.9247	0.262	142	0.1863	1990	2132	100
2.9247-3.1079	0.2215	142	0.1875	1986	2128	100
3.1079-3.3477	0.2375	143	0.1863	2007	2150	100
3.3477-3.6845	0.237	145	0.1807	2016	2161	100
3.6845-4.2174	0.2405	144	0.181	2010	2154	100
4.2174-5.3122	0.2243	147	0.1915	2051	2198	100
5.3122-46.0235	0.2209	154	0.1994	2147	2301	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0436	1.2114	-0.4712	3.4072	-1.3058	1.9653	0.2183	-0.3796	-0.028	0.7467	-0.1914	0.0526	-0.1984	0.0958	-0.0251	0.3804	-0.053	-0.0253	0.2914	-0.0463	0.2813	1.904	-25.6109	-27.1513
2	0.4671	-0.1486	-0.6654	1.2003	2.146	3.8168	-0.0945	-0.037	-0.0565	0.1713	0.0388	-0.0353	0.2214	0.0764	0.058	0.2649	-0.0028	-0.0073	0.2193	0.0357	0.3287	11.6534	-7.4467	-25.1892
3	0.7491	-0.1561	-1.2721	2.1671	2.1644	6.6163	0.1303	-0.1413	0.1646	0.002	0.2609	-0.247	-0.2277	0.725	-0.3626	0.1827	-0.0121	-0.0398	0.294	-0.0039	0.3609	21.9249	-2.4762	-26.4195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 225 )	A	4 - 225
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 226 through 393 )	A	226 - 393
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 394 through 441 )	A	394 - 441

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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