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- PDB-6icm: Pseudomonas putida CBB5 NdmA with ferredoxin domain of NdmD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6icm
タイトルPseudomonas putida CBB5 NdmA with ferredoxin domain of NdmD
要素
  • Methylxanthine N1-demethylase NdmA
  • Oxidoreductase NdmD
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/OXIDOREDUCTASE / N-demethylase / Rieske oxygenase / reductase plant type ferredoxin / METAL BINDING PROTEIN-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylxanthine N1-demethylase / alkaloid catabolic process / demethylase activity / 酸化還元酵素 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / : / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...: / Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / : / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Methylxanthine N1-demethylase NdmA / Oxidoreductase NdmD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.961 Å
データ登録者Kim, J.H. / Kim, B.H. / Kang, S.Y. / Song, H.K.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1E1A1A01942623 韓国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into Caffeine Degradation by the Bacterial N-Demethylase Complex.
著者: Jun Hoe Kim / Bong Heon Kim / Shelby Brooks / Seung Yeon Kang / Ryan M Summers / Hyun Kyu Song /
要旨: Caffeine, found in many foods, beverages, and pharmaceuticals, is the most used chemical compound for mental alertness. It is originally a natural product of plants and exists widely in environmental ...Caffeine, found in many foods, beverages, and pharmaceuticals, is the most used chemical compound for mental alertness. It is originally a natural product of plants and exists widely in environmental soil. Some bacteria, such as Pseudomonas putida CBB5, utilize caffeine as a sole carbon and nitrogen source by degrading it through sequential N-demethylation catalyzed by five enzymes (NdmA, NdmB, NdmC, NdmD, and NdmE). The environmentally friendly enzymatic reaction products, methylxanthines, are high-value biochemicals that are used in the pharmaceutical and cosmetic industries. However, the structures and biochemical properties of bacterial N-demethylases remain largely unknown. Here, we report the structures of NdmA and NdmB, the initial N- and N-specific demethylases, respectively. Reverse-oriented substrate bindings were observed in the substrate-complexed structures, offering methyl position specificity for proper N-demethylation. For efficient sequential degradation of caffeine, these enzymes form a unique heterocomplex with 3:3 stoichiometry, which was confirmed by enzymatic assays, fluorescent labeling, and small-angle x-ray scattering. The binary structure of NdmA with the ferredoxin domain of NdmD, which is the first structural information for the plant-type ferredoxin domain in a complex state, was also determined to better understand electron transport during N-demethylation. These findings broaden our understanding of the caffeine degradation mechanism by bacterial enzymes and will enable their use for industrial applications.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
B: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
C: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
D: Oxidoreductase NdmD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,86212
ポリマ－136,7974
非ポリマー1,0658
水543
1
A: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
B: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
C: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
D: Oxidoreductase NdmD
ヘテロ分子

A: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
B: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
C: Methylxanthine N1-demethylase NdmA
D: Oxidoreductase NdmD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,72524
ポリマ－273,5958
非ポリマー2,13016
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area22230 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area90880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.265, 118.265, 455.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Methylxanthine N1-demethylase NdmA / 1-methylxanthine demethylase


分子量: 42379.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ndmA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9N289, methylxanthine N1-demethylase
#2: タンパク質 Oxidoreductase NdmD


分子量: 9659.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ndmD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9N291

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非ポリマー , 4種, 11分子

#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M bicine/tris pH 8.5, 0.02M monosaccharides, 10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 40519 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.1 % / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 2.961→3.067 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.961→42.46 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1999 4.96 %
Rwork0.2036 --
obs0.2065 40319 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.961→42.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8737 0 13 3 8753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0349031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13612227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5275370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9615-3.03550.37411370.28232633X-RAY DIFFRACTION99
3.0355-3.11760.35241390.27252665X-RAY DIFFRACTION100
3.1176-3.20930.33291380.27312664X-RAY DIFFRACTION100
3.2093-3.31280.32421410.26162689X-RAY DIFFRACTION100
3.3128-3.43120.32711380.24992663X-RAY DIFFRACTION100
3.4312-3.56850.331420.2372712X-RAY DIFFRACTION100
3.5685-3.73080.32591400.22332698X-RAY DIFFRACTION100
3.7308-3.92740.23751430.21062724X-RAY DIFFRACTION100
3.9274-4.17320.22941410.17832715X-RAY DIFFRACTION100
4.1732-4.49510.23741430.16342742X-RAY DIFFRACTION100
4.4951-4.94690.19811440.16922766X-RAY DIFFRACTION100
4.9469-5.66130.22211460.17522789X-RAY DIFFRACTION100
5.6613-7.12710.26061480.20572836X-RAY DIFFRACTION100
7.1271-42.46420.2371590.19223024X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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