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万見
- SASDFG7: Pseudomonas putida CBB5 NdmB hexamer (Methylxanthine N3-demethyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFG7
試料Pseudomonas putida CBB5 NdmB hexamer
  • Methylxanthine N3-demethylase NdmB (protein), Pseudomonas putida
機能・相同性
機能・相同性情報


methylxanthine N3-demethylase / alkaloid catabolic process / demethylase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / : / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylxanthine N3-demethylase NdmB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into Caffeine Degradation by the Bacterial N-Demethylase Complex.
著者: Jun Hoe Kim / Bong Heon Kim / Shelby Brooks / Seung Yeon Kang / Ryan M Summers / Hyun Kyu Song /
要旨: Caffeine, found in many foods, beverages, and pharmaceuticals, is the most used chemical compound for mental alertness. It is originally a natural product of plants and exists widely in environmental ...Caffeine, found in many foods, beverages, and pharmaceuticals, is the most used chemical compound for mental alertness. It is originally a natural product of plants and exists widely in environmental soil. Some bacteria, such as Pseudomonas putida CBB5, utilize caffeine as a sole carbon and nitrogen source by degrading it through sequential N-demethylation catalyzed by five enzymes (NdmA, NdmB, NdmC, NdmD, and NdmE). The environmentally friendly enzymatic reaction products, methylxanthines, are high-value biochemicals that are used in the pharmaceutical and cosmetic industries. However, the structures and biochemical properties of bacterial N-demethylases remain largely unknown. Here, we report the structures of NdmA and NdmB, the initial N- and N-specific demethylases, respectively. Reverse-oriented substrate bindings were observed in the substrate-complexed structures, offering methyl position specificity for proper N-demethylation. For efficient sequential degradation of caffeine, these enzymes form a unique heterocomplex with 3:3 stoichiometry, which was confirmed by enzymatic assays, fluorescent labeling, and small-angle x-ray scattering. The binary structure of NdmA with the ferredoxin domain of NdmD, which is the first structural information for the plant-type ferredoxin domain in a complex state, was also determined to better understand electron transport during N-demethylation. These findings broaden our understanding of the caffeine degradation mechanism by bacterial enzymes and will enable their use for industrial applications.
登録者
  • Jun Hoe Kim (Korea University, South Korea)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3136
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 4.00 A / 対称性: P3 / カイ2乗値: 0.959 / P-value: 0.294224
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Pseudomonas putida CBB5 NdmB hexamer / 試料濃度: 9.7 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 2 mM TCEP / pH: 7.5 / コメント: gel filtration buffer
要素 #1713タイプ: protein / 記述: Methylxanthine N3-demethylase NdmB / 分子量: 43.012 / 分子数: 6 / 由来: Pseudomonas putida / 参照: UniProt: H9N290
配列: MGSSHHHHHH ENLYFQGSMK EQLKPLLEDK TYLRHFWHPV CTLNEFERAN ASGHGPMGVT LLGEKLVLAR LNSKIIAAAD RCAHRSAQLS IGRVCSNAGK DYLECPYHGW RYDEAGACQL IPACPDKSIS PRAKISSFDC EVKYDIVWVR LDNSFDCTQI PYLSDFDNPD ...配列:
MGSSHHHHHH ENLYFQGSMK EQLKPLLEDK TYLRHFWHPV CTLNEFERAN ASGHGPMGVT LLGEKLVLAR LNSKIIAAAD RCAHRSAQLS IGRVCSNAGK DYLECPYHGW RYDEAGACQL IPACPDKSIS PRAKISSFDC EVKYDIVWVR LDNSFDCTQI PYLSDFDNPD MQVIVADSYI WETVAERRWE NFTDFSHFAF VHPGTLYDPF FASHPTVYVN RVDGELQFKL APPREMKGIP PEAPMGDFTY RCTMPYSVNL EIKLWKDDSR FVLWTTASPV DNKSCRNFMI IVREKDNQPD HMHLAFQKRV LDEDQPVIES QWPLEIQTSE VSVATDKISV QFRKWHKELS LSAVEGREAF RDSVLTNVIE EEQ

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実験情報

ビーム設備名称: Photon Factory (PF), High Energy Accelerator Research Organization (KEK) BL-10C
地域: Tsukuba / 国: Japan / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus3 2M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Pseudomonas putida CBB5 NdmB hexamer / 測定日: 2018年5月21日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 18 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 36 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0033 0.2809
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 719 /
MinMax
Q0.00594535 0.176578
P(R) point1 719
R0 122.3
結果
Experimental MW: 275 kDa / カーブのタイプ: sec
P(R)Guinier
前方散乱 I00.6081 0.61
慣性半径, Rg 4.24 nm4.325 nm

MinMax
D-12.23
Guinier point12 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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