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- PDB-6ibx: Human PFKFB3 in complex with a N-Aryl 6-Aminoquinoxaline inhibitor 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ibx
タイトルHuman PFKFB3 in complex with a N-Aryl 6-Aminoquinoxaline inhibitor 5
要素6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
キーワードTRANSFERASE / Cancer / Metabolism / Kinase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / fructose metabolic process / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily ...Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / CITRATE ANION / Chem-H9Z / PYROPHOSPHATE 2- / 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Banaszak, K. / Pawlik, H. / Bialas, A. / Fabritius, C.H. / Nowak, M.
資金援助1件
組織認可番号国
European Regional Development Fundunder The Operational Program Innovative Economy, 2007-2013, measure 1.4 (POIG.01.04.00-12-120/12-00)
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Synthesis of amide and sulfonamide substituted N-aryl 6-aminoquinoxalines as PFKFB3 inhibitors with improved physicochemical properties.
著者: Boutard, N. / Bialas, A. / Sabiniarz, A. / Guzik, P. / Banaszak, K. / Biela, A. / Bien, M. / Buda, A. / Bugaj, B. / Cieluch, E. / Cierpich, A. / Dudek, L. / Eggenweiler, H.M. / Fogt, J. / ...著者: Boutard, N. / Bialas, A. / Sabiniarz, A. / Guzik, P. / Banaszak, K. / Biela, A. / Bien, M. / Buda, A. / Bugaj, B. / Cieluch, E. / Cierpich, A. / Dudek, L. / Eggenweiler, H.M. / Fogt, J. / Gaik, M. / Gondela, A. / Jakubiec, K. / Jurzak, M. / Kitlinska, A. / Kowalczyk, P. / Kujawa, M. / Kwiecinska, K. / Les, M. / Lindemann, R. / Maciuszek, M. / Mikulski, M. / Niedziejko, P. / Obara, A. / Pawlik, H. / Rzymski, T. / Sieprawska-Lupa, M. / Sowinska, M. / Szeremeta-Spisak, J. / Stachowicz, A. / Tomczyk, M.M. / Wiklik, K. / Wloszczak, L. / Ziemianska, S. / Zarebski, A. / Brzozka, K. / Nowak, M. / Fabritius, C.H.
履歴
登録2018年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0846
ポリマ－49,8891
非ポリマー1,1955
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.782, 102.782, 254.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3 / PFK/FBPase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase brain/placenta-type isozyme / Renal carcinoma antigen NY-REN- ...PFK/FBPase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase brain/placenta-type isozyme / Renal carcinoma antigen NY-REN-56 / iPFK-2


分子量: 49888.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKFB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q16875, 6-phosphofructo-2-kinase, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase
#5: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 235分子

#2: 化合物 ChemComp-H9Z / 3-[[8-(1-methylindol-6-yl)quinoxalin-6-yl]amino]-~{N}-[(3~{S})-1-methylpiperidin-3-yl]pyridine-4-carboxamide


分子量: 491.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H29N7O
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% Tacsimate, 10% PEG3350, 0.1M MES/imidazole pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→47.65 Å / Num. obs: 46675 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.442 % / Biso Wilson estimate: 40.624 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 19.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.11-2.239.370.9922.2772610.7441.04997.7
2.23-2.3911.0410.646469690.8980.677100
2.39-2.5810.5250.3916.3265120.960.411100
2.58-2.8211.20.269.7760270.9830.272100
2.82-3.1610.4690.14716.3554820.9930.155100
3.16-3.6410.8960.07848960.9980.081100
3.64-4.4510.1910.04441930.9990.047100
4.45-6.2710.1940.03433170.9990.036100
6.27-47.659.4420.026201810.02799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QPU

3qpu


解像度: 2.11→47.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.257 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1439 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.137
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1867 4 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1884 44807 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.32 Å2 / Biso mean: 38.185 Å2 / Biso min: 20.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å2-0.36 Å2-0 Å2
2---0.72 Å2-0 Å2
3---2.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3496 0 79 231 3806
Biso mean--36.97 44.86 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9864967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7093.0047955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8975433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01623.556180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54215649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0891532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02856
LS精密化 シェル解像度: 2.107→2.161 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 128 -
Rwork0.304 3081 -
all-3209 -
obs--94.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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