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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ibu | ||||||
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タイトル | Apo Crh5 transglycosylase | ||||||
要素 | Probable glycosidase crf1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / cross-link / transglycosylase / GH16 / cell wall assembly | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / fungal-type cell wall / IgE binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / carbohydrate metabolic process / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neosartorya fumigata (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Bartual, S.G. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Mechanisms of redundancy and specificity of the Aspergillus fumigatus Crh transglycosylases. 著者: Fang, W. / Sanz, A.B. / Bartual, S.G. / Wang, B. / Ferenbach, A.T. / Farkas, V. / Hurtado-Guerrero, R. / Arroyo, J. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ibu.cif.gz | 111.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ibu.ent.gz | 84.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ibu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ibu_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ibu_full_validation.pdf.gz | 451.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ibu_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ibu_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/6ibu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/6ibu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 266 / Label seq-ID: 4 - 245
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26597.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: crf1, AFUA_1G16190 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8J0P4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.0, 1,6M ammonium sulphate, 21mM ZnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.885601 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.885601 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→62.62 Å / Num. obs: 23428 / % possible obs: 99.01 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.807 / Net I/σ(I): 7.99 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.331 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 2317 / % possible all: 99.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5NDL 5ndl 解像度: 2.25→62.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.582 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.229 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→62.62 Å
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拘束条件 |
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