PDB-6ib5: Mutant of flavin-dependent tryptophan halogenase Thal with altere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ib5

タイトル

Mutant of flavin-dependent tryptophan halogenase Thal with altered regioselectivity (Thal-RebH5)

要素

Tryptophan 6-halogenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / tryptophan halogenase / ThdH / Thal

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan 6-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces albogriseolus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Moritzer, A. / Prior, T. / Niemann, H.H.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-based switch of regioselectivity in the flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal.
著者: Moritzer, A.C. / Minges, H. / Prior, T. / Frese, M. / Sewald, N. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2018年11月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ib5.cif.gz	456.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ib5.ent.gz	377 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ib5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/6ib5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/6ib5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h43C 6h44SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5brp-3 6h44-1 1jvn-1 3c5e-d 2pyx-2 3axh-d 4h2c-d 4m56-1 6h43-2 6h43-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 6-halogenase

B: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in solution
61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.260, 139.260, 144.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	Tryptophan 6-halogenase 分子量: 60376.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus (バクテリア) 遺伝子: thal, thdH / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E280
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 % / 解説: hexagonal prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.1 M bicine pH 8.4, 1.3 M K2HPO4/KH2PO4 protein concentration: ~15 mg/mL protein buffer: 10 mM Tris pH 7.4, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP drop ratio: 2:1 (P:R)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 89845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.89 % / B_iso Wilson estimate: 59.845 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 20.74
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 18.66 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 6649 / CC_1/2: 0.763 / R_rim(I) all: 1.857 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14rc3_3199: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6H44

6h44

解像度: 2.12→48.11 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.29

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1916	4494	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1632	-	-	-
obs	0.1646	89790	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8395	0	86	420	8901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8763
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	11889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.21	5172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.1441	0.3151	150	0.275	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1441-2.1693	0.3096	151	0.2618	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1693-2.1958	0.3466	151	0.2505	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1958-2.2236	0.2587	149	0.2372	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2236-2.2528	0.2669	138	0.2225	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2528-2.2837	0.2304	138	0.2201	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2837-2.3163	0.244	159	0.214	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3163-2.3509	0.2514	154	0.2182	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3509-2.3876	0.2654	146	0.1994	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3876-2.4268	0.2677	168	0.1982	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4268-2.4686	0.23	150	0.194	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4686-2.5135	0.1977	165	0.1892	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5135-2.5619	0.2537	174	0.1821	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5619-2.6141	0.2491	143	0.1951	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6141-2.671	0.265	161	0.1961	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.671-2.7331	0.2366	161	0.1871	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7331-2.8015	0.2323	145	0.1854	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8015-2.8772	0.2266	143	0.1803	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8772-2.9618	0.2317	136	0.1929	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9618-3.0574	0.2416	150	0.1895	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0574-3.1667	0.2297	151	0.1893	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1667-3.2934	0.1949	151	0.1804	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2934-3.4433	0.2116	137	0.1689	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4433-3.6248	0.1902	161	0.1551	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6248-3.8518	0.1646	136	0.1515	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8518-4.149	0.1532	161	0.1386	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.149-4.5663	0.1537	152	0.1233	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5663-5.2263	0.1331	127	0.127	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2263-6.582	0.1742	142	0.1551	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
6.582-48.1224	0.1643	144	0.1505	2912	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.927 Å / Origin y: -64.2287 Å / Origin z: -25.9241 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3653 Å²	0.0195 Å²	0.0628 Å²	-	0.4227 Å²	0.0207 Å²	-	-	0.3515 Å²
L	1.4369 °²	0.4745 °²	-0.6329 °²	-	0.627 °²	-0.5113 °²	-	-	1.0813 °²
S	-0.1648 Å °	0.0267 Å °	-0.2345 Å °	-0.1058 Å °	0.0661 Å °	-0.1033 Å °	0.1359 Å °	-0.0084 Å °	0.0357 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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