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- PDB-6ia7: T. brucei IFT22 GTP-bound crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ia7
タイトルT. brucei IFT22 GTP-bound crystal structure
要素Intraflagellar transport protein 22
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Intraflagellar transport protein 22 / cilium formation / Rab-like / GTPase / RabL5
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle B / motile cilium / cilium assembly / endomembrane system / ciliary basal body / intracellular protein transport / cilium / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Intraflagellar transport protein 22
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wachter, S. / Basquin, J. / Lorentzen, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF15OC0014164 デンマーク
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Binding of IFT22 to the intraflagellar transport complex is essential for flagellum assembly.
著者: Wachter, S. / Jung, J. / Shafiq, S. / Basquin, J. / Fort, C. / Bastin, P. / Lorentzen, E.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intraflagellar transport protein 22
B: Intraflagellar transport protein 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7057
ポリマ－49,5702
非ポリマー1,1355
水75742
1
A: Intraflagellar transport protein 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,7851
非ポリマー5883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intraflagellar transport protein 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3323
ポリマ－24,7851
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.845, 55.845, 263.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Intraflagellar transport protein 22


分子量: 24784.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: IFT22, Tb11.01.8590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q381A3
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 50 mM NaCacodylate pH 6.5 and 200 mM calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20689 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 2.088 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1996 / CC1/2: 0.497 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→48.363 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 1056 5.13 %
Rwork0.2119 --
obs0.2167 20588 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.363 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 67 42 2336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8993193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1641366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3006-2.40530.34231280.29072422X-RAY DIFFRACTION95
2.4053-2.5320.27111330.28672438X-RAY DIFFRACTION95
2.532-2.69050.29961340.27652433X-RAY DIFFRACTION95
2.6905-2.8980.28521400.24492408X-RAY DIFFRACTION95
2.898-3.18930.27931290.22492423X-RAY DIFFRACTION95
3.1893-3.64980.24321460.22417X-RAY DIFFRACTION94
3.6498-4.59480.21391190.18192473X-RAY DIFFRACTION95
4.5948-27.31740.29531270.20682446X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.8982 Å / Origin y: 2.6756 Å / Origin z: -22.4154 Å
111213212223313233
T0.6739 Å2-0.2447 Å2-0.0605 Å2-0.4362 Å2-0.052 Å2--0.3923 Å2
L1.5009 °20.9825 °2-0.7452 °2-2.9023 °2-1.3087 °2--1.8946 °2
S-0.1269 Å °0.263 Å °-0.1453 Å °0.2874 Å °0.1232 Å °-0.3493 Å °-0.0287 Å °0.017 Å °-0.0038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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