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- PDB-6i9t: Two minutes iron loaded Rana Catesbeiana H' ferritin variant H54N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9t
タイトルTwo minutes iron loaded Rana Catesbeiana H' ferritin variant H54N
要素Ferritin, middle subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rana Catesbeiana H' ferritin / ferroxidase process / H54N variant / two minutes iron loaded / time-controlled iron loading
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin, middle subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Lithobates catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Mangani, S.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2019
タイトル: Effect of the point mutation H54N on the ferroxidase process of Rana catesbeiana H' ferritin.
著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Lalli, D. / Rosa, C. / Turano, P. / Mangani, S.
履歴
登録2018年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,26623
ポリマ－20,5991
非ポリマー66722
水6,612367
1
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,377552
ポリマ－494,37924
非ポリマー15,998528
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_455-x-1,z,y1
crystal symmetry operation19_455-x-1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation57_455y-1/2,z,x+1/21
crystal symmetry operation58_454-y-1/2,z,-x-1/21
crystal symmetry operation59_454y-1/2,-z,-x-1/21
crystal symmetry operation60_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation69_454z-1/2,y,-x-1/21
crystal symmetry operation70_455z-1/2,-y,x+1/21
crystal symmetry operation71_455-z-1/2,y,x+1/21
crystal symmetry operation72_454-z-1/2,-y,-x-1/21
crystal symmetry operation77_455z-1/2,x+1/2,y1
crystal symmetry operation78_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation79_445-z-1/2,-x-1/2,y1
crystal symmetry operation80_455-z-1/2,x+1/2,-y1
crystal symmetry operation85_455y-1/2,x+1/2,-z1
crystal symmetry operation86_445-y-1/2,-x-1/2,-z1
crystal symmetry operation87_445y-1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation88_455-y-1/2,x+1/2,z1
Buried area95430 Å2
ΔGint-680 kcal/mol
Surface area135900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.830, 183.830, 183.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

MG

21A-208-

MG

31A-214-

CL

41A-215-

CL

51A-617-

HOH

61A-663-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin, middle subunit / Ferritin M / Ferritin H' / Ferritin X


分子量: 20599.137 Da / 分子数: 1 / 変異: H54N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P07798, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.6-2.0 M MgCl2 and 0.1 M bicine pH 9.0 / PH範囲: 8-9

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.95372
シンクロトロンELETTRA 5.2R21.73893
シンクロトロンELETTRA 5.2R31.76116
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年10月8日
DECTRIS PILATUS 2M2PIXEL2012年10月29日
DECTRIS PILATUS 2M3PIXEL2012年10月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953721
21.738931
31.761161
反射

Biso Wilson estimate: 5.67 Å2 / Entry-ID: 6I9T / Observed criterion σ(I): 2

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.2-22.468046697.210.80.9990.0580.0180.063119.2
1.7-42.262897796.79.90.9990.0590.020.066223.7
1.85-46.052319499.17.50.9960.0990.040.113313.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.2-1.265.60.3664110660.860.1880.452192.9
1.7-1.792.50.2323.133470.8730.1730.315279
1.85-1.955.60.7372.131650.6530.3470.854395.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LQH

4lqh


解像度: 1.2→22.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.723 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13706 4142 5.1 %RANDOM
Rwork0.12074 ---
obs0.12158 76291 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.115 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→22.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1418 0 22 367 1807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.6442280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6421.5873531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9555227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67823.636110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35315323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9821511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.792777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.787776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.042988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.042989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.074887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.074887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5061269
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.7442118
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.7032018
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46431189
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 278 -
Rwork0.204 5316 -
obs--92.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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