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万見
- PDB-6i9i: Rift valley fever virus Gn in complex with a neutralizing antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9i
タイトルRift valley fever virus Gn in complex with a neutralizing antibody fragment
要素
  • Glycoprotein
  • RV-Gn1 Heavy chain
  • RV-Gn1 Light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / Glycoprotein / Antibody / phlebovirus / neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Immunoglobulins ...Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Allen, E.R. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N002091/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/J007897/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: A Protective Monoclonal Antibody Targets a Site of Vulnerability on the Surface of Rift Valley Fever Virus.
著者: Allen, E.R. / Krumm, S.A. / Raghwani, J. / Halldorsson, S. / Elliott, A. / Graham, V.A. / Koudriakova, E. / Harlos, K. / Wright, D. / Warimwe, G.M. / Brennan, B. / Huiskonen, J.T. / Dowall, S. ...著者: Allen, E.R. / Krumm, S.A. / Raghwani, J. / Halldorsson, S. / Elliott, A. / Graham, V.A. / Koudriakova, E. / Harlos, K. / Wright, D. / Warimwe, G.M. / Brennan, B. / Huiskonen, J.T. / Dowall, S.D. / Elliott, R.M. / Pybus, O.G. / Burton, D.R. / Hewson, R. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.label_entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id ..._atom_site.label_entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.ref_id
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RV-Gn1 Heavy chain
B: RV-Gn1 Light chain
C: Glycoprotein
D: Glycoprotein
H: RV-Gn1 Heavy chain
L: RV-Gn1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,0216
ポリマ－165,0216
非ポリマー00
水7,963442
1
A: RV-Gn1 Heavy chain
B: RV-Gn1 Light chain
C: Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5113
ポリマ－82,5113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
2
D: Glycoprotein
H: RV-Gn1 Heavy chain
L: RV-Gn1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5113
ポリマ－82,5113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.590, 61.950, 78.910
Angle α, β, γ (deg.)81.01, 77.52, 84.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H
12B
22L
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPROPROAA1 - 2101 - 212
21THRTHRPROPROHE1 - 2101 - 212
12GLYGLYASPASPBB3 - 2102 - 215
22GLYGLYASPASPLF3 - 2102 - 215
13SERSERHISHISCC371 - 436218 - 283
23SERSERHISHISDD371 - 436218 - 283

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 RV-Gn1 Heavy chain


分子量: 23616.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RV-Gn1 Light chain


分子量: 22819.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 36075.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2T080, UniProt: P21401*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 参照: UniProt: P21401*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 500, 0.1 M bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→23.6 Å / Num. obs: 59882 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.67 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J02

4j02


解像度: 1.98→23.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.777 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24343 3141 5 %RANDOM
Rwork0.20264 ---
obs0.20478 59882 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4 Å2-0.77 Å20.97 Å2
2--1.74 Å20.28 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.98→23.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7049 0 0 442 7491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.027229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9449909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.897314774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7195946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.07824.745255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.681151045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.181518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4713.353811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4713.3493810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4855.0064748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4855.0084749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3993.4173418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3953.4173418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.265.0855162
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.02762.36728561
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.92662.34828333
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A118920.08
12H118920.08
21B123020.1
22L123020.1
31C27600.1
32D27600.1
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 226 -
Rwork0.322 4318 -
obs--95.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18170.162-0.20440.4628-0.33261.1443-0.0656-0.08980.0797-0.03060.03180.0997-0.0184-0.19170.03380.03440.041-0.02720.33670.00480.113210.920246.508745.6234
20.46120.1575-0.3780.2759-0.30160.8376-0.1257-0.1162-0.0052-0.11870.00610.0730.19290.01590.11960.1562-0.02850.03150.22270.02620.134120.279131.131642.4061
32.62130.8973-0.33062.0140.0871.0636-0.01280.1809-0.0282-0.2090.0115-0.1109-0.2741-0.07870.00140.215-0.0394-0.01980.14140.09510.079630.693467.25920.0194
40.80770.90010.25172.3584-0.29840.34230.0816-0.0371-0.0780.165-0.0510.00340.00240.0211-0.03060.2123-0.02350.07870.12870.07010.0957-14.5917.641325.7803
50.5482-0.0793-0.39140.11960.09230.47480.09680.16470.06310.0739-0.1029-0.0337-0.0507-0.06450.00610.124-0.01010.01380.22640.09610.05710.729941.2912-0.5376
60.47070.0809-0.47120.4347-0.160.54840.02950.05120.00810.0619-0.0903-0.13960.01580.05780.06090.06680.01910.00310.2950.11990.077117.104234.34711.6136
70.2895-0.03550.03730.03140.05830.1547-0.00910.01370.03060.0037-0.00940.00370.0140.01220.01850.1626-0.03830.00220.18880.06310.085811.587838.210921.3342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3C371 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4D370 - 437
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6L3 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7S1 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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