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- PDB-6i9g: Crystal structure of encapsulin from Mycolicibacterium hassiacum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9g
タイトルCrystal structure of encapsulin from Mycolicibacterium hassiacum
要素Linocin-M18
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Nanocompartment / nanocage / packaging of biocatalysts / bacteriocin
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein gp5 fold - #30 / Major capsid protein gp5 fold / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / : 2020
タイトル: Structure of a robust bacterial protein cage and its application as a versatile biocatalytic platform through enzyme encapsulation.
著者: Loncar, N. / Rozeboom, H.J. / Franken, L.E. / Stuart, M.C.A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Linocin-M18
B: Linocin-M18
C: Linocin-M18
D: Linocin-M18
E: Linocin-M18
F: Linocin-M18
G: Linocin-M18
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L: Linocin-M18
M: Linocin-M18
N: Linocin-M18
O: Linocin-M18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,810136
ポリマ-435,20215
非ポリマー11,608121
50,3882797
1
A: Linocin-M18
B: Linocin-M18
C: Linocin-M18
D: Linocin-M18
E: Linocin-M18
F: Linocin-M18
G: Linocin-M18
H: Linocin-M18
I: Linocin-M18
J: Linocin-M18
K: Linocin-M18
L: Linocin-M18
M: Linocin-M18
N: Linocin-M18
O: Linocin-M18
ヘテロ分子

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D: Linocin-M18
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G: Linocin-M18
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J: Linocin-M18
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L: Linocin-M18
M: Linocin-M18
N: Linocin-M18
O: Linocin-M18
ヘテロ分子

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F: Linocin-M18
G: Linocin-M18
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N: Linocin-M18
O: Linocin-M18
ヘテロ分子

A: Linocin-M18
B: Linocin-M18
C: Linocin-M18
D: Linocin-M18
E: Linocin-M18
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G: Linocin-M18
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J: Linocin-M18
K: Linocin-M18
L: Linocin-M18
M: Linocin-M18
N: Linocin-M18
O: Linocin-M18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,787,239544
ポリマ-1,740,80860
非ポリマー46,431484
1,08160
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area298320 Å2
ΔGint-587 kcal/mol
Surface area523010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.272, 242.149, 271.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-558-

HOH

21K-536-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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2105O

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 265 / Label seq-ID: 1 - 265

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
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NCSアンサンブル:
ID
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98
99
100
101
102
103
104
105

-
要素

#1: タンパク質
Linocin-M18


分子量: 29013.471 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
遺伝子: lin, C731_3737 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB 10 beta
参照: UniProt: K5BEG2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2797 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 6.0 mg/ml encapsulin. 1.3 -1.6 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 255440 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 12672 / CC1/2: 0.497 / Rpim(I) all: 0.365 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DKT
解像度: 2.5→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.576 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21048 12567 4.9 %RANDOM
Rwork0.17236 ---
obs0.17422 242842 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å2-0 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30675 0 609 2798 34082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01931808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.98143487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.935154920
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X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.25101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02124000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4463.06415923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID
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132N361
141A360
142O360
151B360
152C360
161B364
162D364
171B360
172E360
181B363
182F363
191B360
192G360
201B359
202H359
211B357
212I357
221B360
222J360
231B360
232K360
241B361
242L361
251B361
252M361
261B360
262N360
271B357
272O357
281C365
282D365
291C361
292E361
301C362
302F362
311C363
312G363
321C360
322H360
331C360
332I360
341C362
342J362
351C361
352K361
361C363
362L363
371C362
372M362
381C364
382N364
391C359
392O359
401D365
402E365
411D366
412F366
421D363
422G363
431D361
432H361
441D362
442I362
451D363
452J363
461D363
462K363
471D366
472L366
481D364
482M364
491D362
492N362
501D361
502O361
511E361
512F361
521E362
522G362
531E356
532H356
541E360
542I360
551E360
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561E363
562K363
571E362
572L362
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582M364
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592N361
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602O359
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612G362
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622H361
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632I360
641F361
642J361
651F362
652K362
661F362
662L362
671F362
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682N362
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692O359
701G360
702H360
711G360
712I360
721G362
722J362
731G362
732K362
741G362
742L362
751G364
752M364
761G364
762N364
771G358
772O358
781H355
782I355
791H361
792J361
801H357
802K357
811H358
812L358
821H359
822M359
831H360
832N360
841H357
842O357
851I361
852J361
861I362
862K362
871I364
872L364
881I362
882M362
891I362
892N362
901I360
902O360
911J364
912K364
921J365
922L365
931J366
932M366
941J365
942N365
951J361
952O361
961K365
962L365
971K365
972M365
981K363
982N363
991K363
992O363
1001L365
1002M365
1011L363
1012N363
1021L363
1022O363
1031M365
1032N365
1041M362
1042O362
1051N362
1052O362
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 966 -
Rwork0.279 17978 -
obs--98.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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