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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i98 | ||||||
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タイトル | Structure of the ferrioxamine B transporter FoxA from Pseudomonas aeruginosa, apo state | ||||||
要素 | Ferric hydroxamate uptake | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / outer membrane / cell outer membrane / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Josts, I. / Tidow, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Ternary structure of the outer membrane transporter FoxA with resolved signalling domain provides insights into TonB-mediated siderophore uptake. 著者: Josts, I. / Veith, K. / Tidow, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i98.cif.gz | 278.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i98.ent.gz | 232.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i98.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6i98_validation.pdf.gz | 1012.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6i98_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6i98_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6i98_validation.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i98 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 75421.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: fhuA, fhuA_5, C0044_18480, CAZ10_13360, CCBH4851_00003, DZ940_30305, EGY23_22030, PAERUG_E15_London_28_01_14_03466 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C7CQY7, UniProt: Q9I116*PLUS |
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-非ポリマー , 7種, 40分子
#2: 化合物 | ChemComp-NI / | ||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.52 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.03332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.53 Å / Num. obs: 40394 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.226 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4492 / CC1/2: 0.547 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→151.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 24.424 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 141 Å2 / Biso mean: 58.049 Å2 / Biso min: 30 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→151.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.7742 Å / Origin y: -70.3826 Å / Origin z: -12.8859 Å
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