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- PDB-6i8l: Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor TD001851a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8l
タイトルCrystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor TD001851a
要素Spindlin-1
キーワードCELL CYCLE / Epigenetics / Tudor domain / Methyl-Lysine / methyl-Arginine
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H7Q / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Johansson, C. / Fagan, V. / Brennan, P.E. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: A Chemical Probe for Tudor Domain Protein Spindlin1 to Investigate Chromatin Function.
著者: Fagan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Monteiro, O. / Dunford, J.E. / Nibhani, R. / Philpott, M. / Malzahn, J. / Wells, G. / Faram, R. / Cribbs, A.P. / Halidi, N. / Li, F. / Chau, I. / ...著者: Fagan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Monteiro, O. / Dunford, J.E. / Nibhani, R. / Philpott, M. / Malzahn, J. / Wells, G. / Faram, R. / Cribbs, A.P. / Halidi, N. / Li, F. / Chau, I. / Greschik, H. / Velupillai, S. / Allali-Hassani, A. / Bennett, J. / Christott, T. / Giroud, C. / Lewis, A.M. / Huber, K.V.M. / Athanasou, N. / Bountra, C. / Jung, M. / Schule, R. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C. / Xiong, Y. / Jin, J. / Fedorov, O. / Farnie, G. / Brennan, P.E. / Oppermann, U.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2816
ポリマ－25,5001
非ポリマー7825
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.350, 115.350, 43.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25499.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657

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非ポリマー , 6種, 101分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-H7Q / 5'-(cyclopropylmethoxy)-6'-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]spiro[cyclopentane-1,3'-indole]-2'-amine


分子量: 431.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 55% MPD and 0.1 M SPG buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96871 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96871 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→34.861 Å / Num. obs: 41079 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 22.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.58-1.6213.12.21530070.6390.6352.305100
7.07-34.8610.80.02555010.0080.02699.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.23 Å40.91 Å
Translation5.23 Å40.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZG

4mzg


解像度: 1.58→34.861 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 1993 4.86 %
Rwork0.1872 --
obs0.1882 41018 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.68 Å2 / Biso mean: 34.6251 Å2 / Biso min: 15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→34.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 120 96 1748
Biso mean--43.07 35.08 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4752242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.433973
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.58-1.61950.29451230.283727562879
1.6195-1.66330.3271310.269227492880
1.6633-1.71230.27181530.250827282881
1.7123-1.76750.26991560.225227312887
1.7675-1.83070.23991330.206427642897
1.8307-1.9040.23071310.197127672898
1.904-1.99070.22471420.179827652907
1.9907-2.09560.20221560.167327392895
2.0956-2.22690.20411380.165527692907
2.2269-2.39880.18711360.174127822918
2.3988-2.64010.2141400.179828032943
2.6401-3.02190.20291530.186128112964
3.0219-3.80660.18461480.174728533001
3.8066-34.86980.19551530.190830083161
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.253-0.23310.3042.96980.19211.864-0.01190.0239-0.03420.0417-0.031-0.21390.01450.04990.05880.1530.01220.00190.1866-0.00950.2065-2.7518-41.359911.2127
25.6648-1.01621.89113.3537-0.98066.48960.24340.424-0.1499-0.3181-0.1821-0.02840.04390.0365-0.05610.22770.07320.01120.1669-0.01330.167-9.4494-31.2834-3.7505
32.9876-0.3355-1.82221.35030.29675.476-0.0318-0.01230.0498-0.00250.06110.0398-0.10290.1261-0.0730.15570.0557-0.02470.10630.02990.2023-10.6938-27.42815.3188
42.2086-1.2355-0.52442.32441.27171.8437-0.02220.08760.06020.01080.03650.1585-0.2316-0.2641-0.02980.18840.0655-0.00330.19610.0130.1344-15.7856-25.700612.1983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 52 through 135 )B52 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 136 through 176 )B136 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 177 through 235 )B177 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 236 through 269 )B236 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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