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- PDB-6i8f: STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH1AB1 FROM THE METAGENOME OF LAKE ARREO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8f
タイトルSTRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH1AB1 FROM THE METAGENOME OF LAKE ARREO
要素EH1AB1
キーワードHYDROLASE / Ester Hydrolase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessProject BIO2016-76601-C3-3R スペイン
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2020
タイトル: Genetically engineered proteins with two active sites for enhanced biocatalysis and synergistic chemo- and biocatalysis
著者: Alonso, S. / Santiago, G. / Cea-Rama, I. / Fernandez-Lopez, L. / Coscolin, C. / Modregger, J. / Ressmann, A.K. / Martinez-Martinez, M. / Marrero, H. / Bargiela, R. / Pita, M. / Gonzalez- ...著者: Alonso, S. / Santiago, G. / Cea-Rama, I. / Fernandez-Lopez, L. / Coscolin, C. / Modregger, J. / Ressmann, A.K. / Martinez-Martinez, M. / Marrero, H. / Bargiela, R. / Pita, M. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Briand, M.L. / Rojo, D. / Barbas, C. / Plou, F.J. / Golyshin, P.N. / Shahgaldian, P. / Sanz-Aparicio, J. / Guallar, V. / Ferrer, M.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 2.02020年10月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH1AB1
B: EH1AB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23824
ポリマ－71,2082
非ポリマー2,03122
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.226, 86.045, 98.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETARGARGAA1 - 1815 - 32
21METMETARGARGBB1 - 1815 - 32
12LYSLYSVALVALAA34 - 20248 - 216
22LYSLYSVALVALBB34 - 20248 - 216
13TRPTRPTHRTHRAA219 - 315233 - 329
23TRPTRPTHRTHRBB219 - 315233 - 329

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.487908, -0.023057, 0.872591), (-0.041977, -0.997875, -0.049839), (0.871885, -0.060946, 0.485903)-39.46196, 1.93466, 23.48877

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要素

#1: タンパク質 EH1AB1


分子量: 35603.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: uncultured bacterium from the metagenome of Lake Arreo, an evaporite karstic lake in Spain
由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 % / 解説: Thin bars
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 45 % PEG P400, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→43.02 Å / Num. obs: 40731 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 19.653 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3301 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.296 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimless1.11.12データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JD4

5jd4


解像度: 2.11→43.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.046 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19771 2081 5.1 %RANDOM
Rwork0.16012 ---
obs0.16208 38599 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4770 0 130 343 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0145008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.6856766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9041.68110318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0655628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.42820.515272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.90215718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5011546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8932.8332518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8932.8332517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2084.2443144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2084.2443145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2513.1712490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2513.1742485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6094.6043613
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.16935.7735677
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.16935.7825678
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4060 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.430.5
medium thermal3.682
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 145 -
Rwork0.194 2847 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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