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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i86 | ||||||
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タイトル | Crocagin biosynthetic gene J | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / CgnJ / domain of unknown function / Crocagin / RiPPs | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chondromyces crocatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Adam, S. / Koehnke, J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019 タイトル: The structure of CgnJ, a domain of unknown function protein from the crocagin gene cluster. 著者: Adam, S. / Klein, A. / Surup, F. / Koehnke, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i86.cif.gz | 207 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i86.ent.gz | 168.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6i86_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6i86_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6i86_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6i86_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/6i86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/6i86 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17497.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chondromyces crocatus (バクテリア) 遺伝子: CMC5_025600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1EC30 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium phosphate, tri-sodium citrate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→57.17 Å / Num. obs: 68297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Rpim(I) all: 0.28 / Rrim(I) all: 0.779 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→57.169 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→57.169 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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