+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6i86 | ||||||
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Title | Crocagin biosynthetic gene J | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / CgnJ / domain of unknown function / Crocagin / RiPPs | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Chondromyces crocatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Adam, S. / Koehnke, J. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2019 Title: The structure of CgnJ, a domain of unknown function protein from the crocagin gene cluster. Authors: Adam, S. / Klein, A. / Surup, F. / Koehnke, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6i86.cif.gz | 207 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6i86.ent.gz | 168.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6i86.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6i86_validation.pdf.gz | 440.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6i86_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | Display | |
Data in XML | 6i86_validation.xml.gz | 23.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6i86_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/6i86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/6i86 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17497.875 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chondromyces crocatus (bacteria) / Gene: CMC5_025600 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0K1EC30 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: ammonium phosphate, tri-sodium citrate |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 7, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→57.17 Å / Num. obs: 68297 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 18.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Rpim(I) all: 0.28 / Rrim(I) all: 0.779 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→57.169 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→57.169 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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