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- PDB-6i83: Crystal structure of phosphorylated RET V804M tyrosine kinase dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i83
タイトルCrystal structure of phosphorylated RET V804M tyrosine kinase domain complexed with PDD00018366
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードONCOPROTEIN / inhibitor / kinase / proto-oncogene
機能・相同性
機能・相同性情報


Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud ...Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / neuron cell-cell adhesion / innervation / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / response to pain / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of cell size / RET signaling / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / MAPK cascade / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / early endosome / receptor complex / endosome membrane / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / axon / protein phosphorylation / neuronal cell body / calcium ion binding / dendrite / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-H72 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Burschowsky, D. / Seewooruthun, C. / Bayliss, R. / Carr, M.D. / Echalier, A. / Jordan, A.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKGrant C480/A11411 英国
Cancer Research UKC5759/A17098 英国
Cancer Research UKC1362/A20263 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Optimization of wt-RET/KDR-Selective Inhibitors of RETV804MKinase.
著者: Newton, R. / Waszkowycz, B. / Seewooruthun, C. / Burschowsky, D. / Richards, M. / Hitchin, S. / Begum, H. / Watson, A. / French, E. / Hamilton, N. / Jones, S. / Lin, L.Y. / Waddell, I. / ...著者: Newton, R. / Waszkowycz, B. / Seewooruthun, C. / Burschowsky, D. / Richards, M. / Hitchin, S. / Begum, H. / Watson, A. / French, E. / Hamilton, N. / Jones, S. / Lin, L.Y. / Waddell, I. / Echalier, A. / Bayliss, R. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,85517
ポリマ－35,8201
非ポリマー1,03516
水1,60389
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,71034
ポリマ－71,6412
非ポリマー2,06932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.380, 70.040, 78.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 35820.277 Da / 分子数: 1 / 変異: V804M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51 / 細胞株 (発現宿主): HEK293K / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-H72 / 4-[5-(pyridin-3-ylmethylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]benzamide


分子量: 344.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N6O
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.5-5.5, 2.0 M sodium formate drop size 500 nl + 500 nl RET at 3 mg/ml in 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 1 mM DTT
PH範囲: 4.5-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→49.77 Å / Num. obs: 30797 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1646 / CC1/2: 0.337 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
GDAデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IVS

2ivs


解像度: 1.88→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.592 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23835 1539 5 %RANDOM
Rwork0.20677 ---
obs0.20832 29257 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20 Å21.12 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.88→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2361 0 71 89 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.6453304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1311.5865440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9725290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.2921.032126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05915454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1474.281166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1464.2821167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4516.4081454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4516.4121455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6384.7321306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6114.7081277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3376.9181851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.75649.7922814
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.73849.6432795
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.884→1.933 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 105 -
Rwork0.362 1847 -
obs--84.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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