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- PDB-6i7f: Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata - complex with 2,4-dich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i7f
タイトルDehaloperoxidase B from Amphitrite ornata - complex with 2,4-dichlorophenol
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / 5-bromoindole / Peroxidase / Globin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-dichlorophenol / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Moreno-Chicano, T. / Ebrahim, A. / Worrall, J.A.R. / Strange, R.W. / Axford, D. / Sherrell, D.A. / Sugimoto, H. / Tono, K. / Owada, S. / Duyvesteyn, H.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: High-throughput structures of protein-ligand complexes at room temperature using serial femtosecond crystallography.
著者: Moreno-Chicano, T. / Ebrahim, A. / Axford, D. / Appleby, M.V. / Beale, J.H. / Chaplin, A.K. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ghiladi, R.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / Strange, R.W. / Sugimoto, H. / ...著者: Moreno-Chicano, T. / Ebrahim, A. / Axford, D. / Appleby, M.V. / Beale, J.H. / Chaplin, A.K. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ghiladi, R.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / Strange, R.W. / Sugimoto, H. / Tono, K. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / reflns / reflns_shell
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32025年1月15日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5808
ポリマ－30,8292
非ポリマー1,7516
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.940, 67.150, 68.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-5JC / 2,4-dichlorophenol / 2,4-ジクロロフェノ-ル


分子量: 163.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4Cl2O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6
詳細: 5.5 mg/ml DHP-B in 20 mM MES pH 6.0 mixed with 35% PEG 4000, 200 mM AmSO4 at a ratio of 1:4 in a total volume of 250 microlitres

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データ収集

回折平均測定温度: 301 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.7 Å / Num. obs: 24749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 579 % / CC1/2: 0.99 / R split: 0.066 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 340 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 1.66 µm2 / Pulse duration: 10 fsec. / Pulse energy: 289 µJ / Pulse photon energy: 10.01 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: Silicon nitride fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetSample dehydration prevention: Mylar film / Sample solvent: Mother liquor

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ixf

3ixf


解像度: 1.85→34.36 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 1255 5.08 %
Rwork0.1676 --
obs0.1693 24690 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.55 Å2 / Biso mean: 42.4806 Å2 / Biso min: 28.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 0 113 83 2298
Biso mean--45.84 44.34 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.92410.50471200.453525662686
1.9241-2.01160.25731480.23325582706
2.0116-2.11770.20611410.189925472688
2.1177-2.25030.20881350.185625872722
2.2503-2.4240.2191320.17825892721
2.424-2.66790.20921310.169626042735
2.6679-3.05370.24731490.172125982747
3.0537-3.84660.18341330.151726432776
3.8466-34.36590.16441660.146927432909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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