PDB-6i72: Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i72

タイトル

Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex with S-adenosylhomocysteine and caffeic acid

要素

O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / fruit ripening / strawberry / volatiles / O-methyltransferase / SAM / SAH / caffeic acid / ferulic acid / protocatechuic aldehyde / vanillin / furaneol / furaneol methyl ether

機能・相同性

機能・相同性情報

caffeate O-methyltransferase / lignin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Fragaria ananassa (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Heldner, A. / Schiefner, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into enzymatic formation of the strawberry flavor compound 2,5-dimethyl-4-methoxy-3(2H)-furanone
著者: Heldner, A. / Schiefner, A.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i72.cif.gz	310 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i72.ent.gz	247.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i72_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i72_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6i72_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	6i72_validation.cif.gz	58 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i70C 6i71C 6i73SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yjw-d 3tky-2 5cvu-1 3reo-1 3tky-1 6i6k-d 6i70-d 5cvv-d 5cvj-1 6i6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase

B: O-methyltransferase

ヘテロ分子

81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.258, 87.728, 147.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	O-methyltransferase 分子量: 39718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragaria ananassa (植物) / 遺伝子: omt1 / プラスミド: pASK75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9M602

-
非ポリマー , 5種, 730分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DHC / CAFFEIC ACID / 3,4-DIHYDROXYCINNAMIC ACID / カフェ-酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.41 % / 解説: bipyramidal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.4-0.6 M Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium malonate PH範囲: 5.5-6.25

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8943 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→29.36 Å / Num. obs: 136500 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.26 % / B_iso Wilson estimate: 26.484 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.076 / Net I/σ(I): 19.55 / Num. measured all: 1263944 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.6	9.463	0.969	2.38	23570	0.793	1.025	98.1
1.6-1.7	9.467	0.609	4.13	18432	0.923	0.644	98.5
1.7-1.8	9.48	0.384	6.79	14610	0.968	0.406	98.7
1.8-2	9.468	0.208	12.28	21301	0.991	0.22	99
2-2.5	9.327	0.088	26.35	28211	0.998	0.093	99.4
2.5-3	8.998	0.051	39.82	12597	0.999	0.055	99.7
3-4	8.598	0.037	50.75	10142	0.999	0.04	99.8
4-6	8.432	0.031	55.35	5308	0.999	0.033	100
6-8	8.349	0.03	55.26	1340	0.999	0.031	100
8-10	8.152	0.028	56.85	486	0.999	0.03	99.8
10-29.36	5.324	0.029	39.85	503	0.999	0.032	91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I73

6i73

解像度: 1.5→29.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.171 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0564 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.173	2751	2 %	RANDOM
R_work	0.1519	-	-	-
obs	0.1524	133748	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.08 Å² / B_iso mean: 23.02 Å² / B_iso min: 12.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.33 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→29.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5388	0	109	727	6224
B_iso mean	-	-	22.76	32.36	-
残基数	-	-	-	-	704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.014	5887
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.692	1.668	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.122	1.653	12825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.26	5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.455	24.167	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.883	15	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.577	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1063

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	178	-
R_work	0.26	9739	-
all	-	9917	-
obs	-	-	98.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0014	-1.3544	-1.4808	5.6535	-0.5704	3.3731	0.0465	-0.2457	-0.0075	0.2499	-0.0248	0.0482	0.0273	-0.0867	-0.0218	0.149	0.0014	-0.01	0.1439	0.0026	0.117	13.9671	-30.4528	41.1085
2	0.5412	-0.1032	0.0102	1.1124	-0.4096	0.8733	-0.0486	0.0253	-0.063	-0.0531	0.0824	0.0819	0.0931	-0.0766	-0.0338	0.0432	-0.0094	-0.0022	0.023	0.0025	0.0122	-3.0017	-34.2025	17.318
3	2.7395	1.1016	-0.411	2.19	-0.6606	2.7008	-0.0336	-0.1257	0.0117	0.0304	0.08	0.2568	-0.1222	-0.4248	-0.0464	0.0651	0.0479	-0.0207	0.1237	0.0279	0.0671	-21.7076	-12.1301	8.5088
4	1.1336	-0.1605	0.7073	0.5582	-0.1421	1.5855	-0.0364	-0.0843	0.1208	0.0527	0.0392	0.0511	-0.2511	-0.1547	-0.0028	0.1047	0.0313	-0.0038	0.0172	-0.0015	0.0337	-7.9835	-7.9687	17.89
5	1.0941	0.5844	0.1363	3.0758	-0.345	2.877	-0.0179	-0.2731	0.1791	0.4535	0.0599	0.357	-0.5158	-0.3336	-0.042	0.1797	0.0841	0.0137	0.1196	-0.0089	0.1119	-14.3593	-3.026	21.5088
6	9.5521	-1.481	-6.0345	11.3622	-0.1379	5.6142	0.0703	-0.2752	0.0445	0.5229	-0.103	0.1906	0.0867	-0.0874	0.0327	0.1169	0.0072	0.0109	0.0985	0.0112	0.0823	-13.1362	-26.6168	30.5161
7	0.5581	-0.3377	-0.2949	0.896	0.1463	0.7972	-0.0173	-0.074	0.0829	0.032	0.057	-0.1368	-0.0772	0.1328	-0.0398	0.0469	-0.0128	-0.0121	0.0397	-0.0099	0.0248	13.9923	-23.1737	22.9446
8	2.8739	0.644	-0.2209	3.2879	1.3279	3.8388	-0.0449	-0.3201	-0.158	0.2485	-0.0076	-0.2816	0.0212	0.3456	0.0524	0.0631	0.048	-0.0375	0.1864	0.0433	0.119	33.5905	-43.6715	30.072
9	2.1116	-0.1551	-0.3694	0.4898	0.0226	0.9992	-0.0408	-0.1582	-0.2189	0.0147	0.0025	-0.1199	0.1566	0.205	0.0384	0.0981	0.0427	0.0028	0.0609	0.034	0.0778	21.6774	-48.8369	24.8737
10	1.7643	0.2593	-0.7921	2.9706	0.0146	1.6859	-0.1482	-0.4221	-0.3549	0.4391	0.0145	0.0287	0.3163	0.1667	0.1337	0.1792	0.0816	-0.0017	0.1439	0.0839	0.1492	20.9167	-54.504	32.708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	259 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	332 - 401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	22 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	188 - 238
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	239 - 331
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	332 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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