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- PDB-6i6j: Crystal structure of the KDEL receptor bound to synthetic nanobody. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i6j
タイトルCrystal structure of the KDEL receptor bound to synthetic nanobody.
要素
  • ER lumen protein-retaining receptor 2
  • Sybody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Intracellular protein receptor / KDEL / ERD2
機能・相同性
機能・相同性情報


KDEL sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-coated vesicle membrane / ER retention sequence binding / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...KDEL sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-coated vesicle membrane / ER retention sequence binding / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
ER lumen protein retaining receptor / ER lumen protein retaining receptor / ER lumen protein retaining receptor signature 1. / ER lumen protein retaining receptor signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / ER lumen protein-retaining receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Braeuer, P. / Newstead, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust109133/Z/15/A 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis for pH-dependent retrieval of ER proteins from the Golgi by the KDEL receptor.
著者: Brauer, P. / Parker, J.L. / Gerondopoulos, A. / Zimmermann, I. / Seeger, M.A. / Barr, F.A. / Newstead, S.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32021年5月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ER lumen protein-retaining receptor 2
C: Sybody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0044
ポリマ－37,2912
非ポリマー7132
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.400, 52.976, 133.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ER lumen protein-retaining receptor 2 / KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 2 / KDEL receptor 2


分子量: 23679.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: KDELR2, RCJMB04_8l23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q5ZKX9
#2: 抗体 Sybody


分子量: 13611.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 9 / 詳細: 30% (v/v) PEG 400, 100 mM Tris pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→52.97 Å / Num. obs: 18081 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.869 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.23-2.296.31.24713170.5360.5361.36100
9.97-52.974.80.0712560.6650.050.08899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M13

5m13


解像度: 2.23→47.132 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 825 4.58 %
Rwork0.2114 --
obs0.213 18018 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.08 Å2 / Biso mean: 49.3756 Å2 / Biso min: 22.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→47.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2638 0 38 79 2755
Biso mean--67.94 48.4 -
残基数----325
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2273-2.36690.29661260.26342758288498
2.3669-2.54960.2741580.24427922950100
2.5496-2.80610.28031340.215228622996100
2.8061-3.21210.22431250.214928472972100
3.2121-4.04660.23761270.196629113038100
4.0466-47.14250.24011550.205330233178100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70680.1039-0.34242.10030.95994.7626-0.19280.169-0.15280.02290.12360.00690.5541-0.18340.03380.2438-0.02820.02810.24760.00810.2449-13.65782.1157-3.8627
22.2076-0.2131-0.21742.4151.05636.18350.0965-0.27530.06220.5858-0.0011-0.10940.3492-0.0361-0.00980.43710.0667-0.02270.31080.02290.2759-15.559912.538127.8531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 204)A1 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 2 through 122)C2 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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