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- PDB-6i60: Structure of alpha-L-rhamnosidase from Dictyoglumus thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i60
タイトルStructure of alpha-L-rhamnosidase from Dictyoglumus thermophilum
要素Alpha-rhamnosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / Substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-rhamnosidase activity / alpha-L-rhamnosidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-rhamnosidase / Alpha-L-rhamnosidase, concanavalin-like domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase N-terminal / Bacterial alpha-L-rhamnosidase concanavalin-like domain / Alpha-L-rhamnosidase N-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily ...Alpha-L-rhamnosidase / Alpha-L-rhamnosidase, concanavalin-like domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase N-terminal / Bacterial alpha-L-rhamnosidase concanavalin-like domain / Alpha-L-rhamnosidase N-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / alpha-L-rhamnosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyoglomus thermophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.743 Å
データ登録者Lafite, P. / Daniellou, R.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Biochemical Characterization of the alpha-l-RhamnosidaseDtRha fromDictyoglomus thermophilum: Application to the Selective Derhamnosylation of Natural Flavonoids.
著者: Guillotin, L. / Kim, H. / Traore, Y. / Moreau, P. / Lafite, P. / Coquoin, V. / Nuccio, S. / de Vaumas, R. / Daniellou, R.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-rhamnosidase
B: Alpha-rhamnosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,46418
ポリマ－219,1422
非ポリマー2,32316
水2,720151
1
A: Alpha-rhamnosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,04111
ポリマ－109,5711
非ポリマー1,47010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-rhamnosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4247
ポリマ－109,5711
非ポリマー8536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.220, 161.530, 124.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-rhamnosidase


分子量: 109570.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (strain ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12) (バクテリア)
株: ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12 / 遺伝子: DICTH_0289 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5YC64
#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→43.28 Å / Num. obs: 65285 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.725 % / Biso Wilson estimate: 61.22 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 7.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.74-2.913.3940.9371.39101090.5031.11294.2
2.91-3.113.6490.5912.299700.7140.69299.2
3.11-3.363.7530.4433.5392660.8450.51798.9
3.36-3.683.8170.2815.8985530.9350.32698.9
3.68-4.113.8710.189.277390.9720.20898.7
4.11-4.743.9010.10913.968220.9890.12798.4
4.74-5.793.7920.1114.4357720.9850.12898.3
5.79-8.133.8380.08315.6945120.9920.09698.4
8.13-43.283.6560.05124.4725420.9960.0695.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5M

3w5m


解像度: 2.743→43.28 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 30.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 6330 4.99 %
Rwork0.2257 --
obs0.2279 63468 96.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.36 Å2 / Biso mean: 61.2588 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.743→43.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14488 0 150 151 14789
Biso mean--70.12 50.31 -
残基数----1769
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7432-2.77430.44761480.3872922307070
2.7743-2.8070.3962110.33153999421097
2.807-2.84120.3722100.34614025423597
2.8412-2.87710.43232110.35324015422697
2.8771-2.9150.35012110.35084052426397
2.915-2.95490.44352100.3294023423398
2.9549-2.99710.35372190.31254074429398
2.9971-3.04180.31042180.27714097431598
3.0418-3.08940.32732150.28924006422198
3.0894-3.140.34442110.28094094430598
3.14-3.19410.35952140.28584032424698
3.1941-3.25220.3142110.29124007421898
3.2522-3.31470.3692160.28734120433698
3.3147-3.38240.32092150.27974081429698
3.3824-3.45590.32412140.26453994420898
3.4559-3.53620.28342140.23674053426798
3.5362-3.62460.26722170.22964088430598
3.6246-3.72260.30132090.22264080428998
3.7226-3.8320.24562170.2174131434898
3.832-3.95560.25162150.21414069428498
3.9556-4.09690.24992110.20824068427999
4.0969-4.26080.25422160.19084074429098
4.2608-4.45450.20772110.184052426398
4.4545-4.68910.23962120.17684069428198
4.6891-4.98250.25932110.18724045425697
4.9825-5.36660.22562160.1924109432598
5.3666-5.90540.2222120.18534017422998
5.9054-6.75720.22642140.19554092430699
6.7572-8.50280.25712110.20144085429699
8.5028-43.2850.18612100.18493945415595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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