+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6i60 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of alpha-L-rhamnosidase from Dictyoglumus thermophilum | ||||||
Components | Alpha-rhamnosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / Substrate | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-L-rhamnosidase activity / alpha-L-rhamnosidase / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Dictyoglomus thermophilum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.743 Å | ||||||
Authors | Lafite, P. / Daniellou, R. | ||||||
Citation | Journal: Acs Omega / Year: 2019 Title: Biochemical Characterization of the alpha-l-RhamnosidaseDtRha fromDictyoglomus thermophilum: Application to the Selective Derhamnosylation of Natural Flavonoids. Authors: Guillotin, L. / Kim, H. / Traore, Y. / Moreau, P. / Lafite, P. / Coquoin, V. / Nuccio, S. / de Vaumas, R. / Daniellou, R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6i60.cif.gz | 373.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6i60.ent.gz | 299.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6i60.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6i60_validation.pdf.gz | 476.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6i60_full_validation.pdf.gz | 508.3 KB | Display | |
Data in XML | 6i60_validation.xml.gz | 64 KB | Display | |
Data in CIF | 6i60_validation.cif.gz | 85.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/6i60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/6i60 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3w5mS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 109570.805 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dictyoglomus thermophilum (strain ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12) (bacteria) Strain: ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12 / Gene: DICTH_0289 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B5YC64 #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-AE3 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.25 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 30% PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.74→43.28 Å / Num. obs: 65285 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.725 % / Biso Wilson estimate: 61.22 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 7.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3W5M Resolution: 2.743→43.28 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 30.73
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.36 Å2 / Biso mean: 61.2588 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.743→43.28 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|