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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i4o | ||||||
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タイトル | Dodecamer DNA containing the synthetic base pair P-Z | ||||||
![]() | (DCZ)(DG)(DA)(DT)(DP)(DT)(DA)(DZ)(DA)(DT)(DC)(DG3) | ||||||
![]() | DNA / synthetic base pair / Z / P | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics | ||||||
![]() | Padroni, G. / Reichenbach, L.F. / Parkinson, J.A. / Burley, G.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sequence-Selective Minor Groove Recognition of a DNA Duplex Containing Synthetic Genetic Components. 著者: Padroni, G. / Withers, J.M. / Taladriz-Sender, A. / Reichenbach, L.F. / Parkinson, J.A. / Burley, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 610.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6i4nC ![]() 6rioC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3706.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DCZ)GAT(.DP)TA(.DZ)ATCG / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: most represented cluster | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: clustering of MD / 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |