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- PDB-6i3v: x-ray structure of the human mitochondrial PRELID1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3v
タイトルx-ray structure of the human mitochondrial PRELID1 in complex with TRIAP1
要素
  • PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
  • TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / prelid1 lipid transport mitochondrial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane lipid distribution / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of cellular respiration / positive regulation of endopeptidase activity / intermembrane lipid transfer / positive regulation of T cell apoptotic process / phospholipid transport / phospholipid translocation / regulation of T cell differentiation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator ...regulation of membrane lipid distribution / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of cellular respiration / positive regulation of endopeptidase activity / intermembrane lipid transfer / positive regulation of T cell apoptotic process / phospholipid transport / phospholipid translocation / regulation of T cell differentiation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of mitochondrial membrane potential / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / Mitochondrial protein degradation / : / regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial intermembrane space / cellular response to UV / p53 binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PRELI/MSF1 domain / Slowmo/Ups family / PRELI-like family / PRELI/MSF1 domain profile. / Mitochondrial distribution/morphology family 35/apoptosis / Uncharacterised protein family (UPF0203) / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Berry, J.L. / Miliara, X. / Morgan, R.M.L. / Matthews, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural determinants of lipid specificity within Ups/PRELI lipid transfer proteins.
著者: Miliara, X. / Tatsuta, T. / Berry, J.L. / Rouse, S.L. / Solak, K. / Chorev, D.S. / Wu, D. / Robinson, C.V. / Matthews, S. / Langer, T.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
B: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
A: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
C: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,85522
ポリマ－58,8694
非ポリマー98718
水5,567309
1
B: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
C: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子

F: PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
A: TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,85522
ポリマ－58,8694
非ポリマー98718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area15220 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.312, 127.312, 177.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

HOH

21A-139-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 FBAC

#1: タンパク質 PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial / 25 kDa protein of relevant evolutionary and lymphoid interest / Px19-like protein


分子量: 21350.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRELID1, PRELI, CGI-106, SBBI12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y255
#2: タンパク質 TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / Protein 15E1.1 / WF-1 / p53-inducible cell-survival factor / p53CSV


分子量: 8084.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIAP1, 15E1.1, HSPC132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43715

-
非ポリマー , 4種, 327分子

#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5 200 mM Sodium chloride 40% (v/v) PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→93.642 Å / Num. obs: 59554 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 19.7 % / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.98→93.642 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 2941 4.97 %
Rwork0.2052 --
obs0.2072 59216 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.25 Å2 / Biso mean: 47.3652 Å2 / Biso min: 18.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→93.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 48 309 4321
Biso mean--54.68 52.82 -
残基数----493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2985536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0422438
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9795-2.0120.38071340.34472554268897
2.012-2.04670.35251480.3382609275798
2.0467-2.08390.39171410.32582612275399
2.0839-2.1240.35381240.31822624274899
2.124-2.16730.34241320.2912618275099
2.1673-2.21450.31981260.28622640276699
2.2145-2.2660.33891380.26862646278499
2.266-2.32260.35141440.255226532797100
2.3226-2.38550.28861510.242826282779100
2.3855-2.45560.27521300.22626702800100
2.4556-2.53490.26991310.21392652278399
2.5349-2.62550.2751530.205126612814100
2.6255-2.73070.21691530.202226572810100
2.7307-2.85490.29091260.206826862812100
2.8549-3.00550.25141480.203526922840100
3.0055-3.19380.24731360.195327102846100
3.1938-3.44040.20971560.181726952851100
3.4404-3.78660.21861510.170627202871100
3.7866-4.33450.181210.164627712892100
4.3345-5.4610.17121490.154228002949100
5.461-93.74650.25961490.211629773126100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.98110.18824.39715.692-0.00552.4320.2216-0.41530.29040.1933-0.56240.10260.4202-0.28190.15590.2848-0.01830.05320.47740.05320.3288-32.105655.0437-17.5044
22.8483-1.4089-3.05631.01271.66483.3560.08020.2726-0.0886-0.267-0.20160.18610.0317-0.74350.10440.282-0.0086-0.04050.40790.01790.2853-29.188651.8826-28.7524
32.2048-0.09070.15293.13020.49392.1656-0.14670.018-0.2233-0.35540.2995-0.29360.06720.2069-0.14310.2178-0.02770.02540.3136-0.01130.2251-12.844148.5915-33.5309
41.0774-0.6751-0.94831.05290.11891.7139-0.0354-0.19530.12360.00050.1434-0.1451-0.10690.1322-0.09250.2135-0.0353-0.01420.3349-0.02080.2795-14.906354.3037-21.176
51.37290.88040.58453.75233.17622.65350.05670.0484-0.0624-0.3895-0.14740.2874-0.1189-0.91780.21310.28-0.0216-0.02830.44460.01690.2677-28.329548.9683-28.7069
61.7213-0.2646-0.57122.10011.29471.68680.1243-0.48550.10390.3330.0862-0.1547-0.05630.7538-0.29290.2492-0.0861-00.3776-0.02480.2551-21.145765.50422.6296
72.30940.34680.05082.57411.70062.21980.3007-0.2616-0.04880.2011-0.095-0.4704-0.22740.9547-0.08440.2506-0.1321-0.07470.42650.01480.342-38.218159.0151-17.329
81.85910.0379-0.30261.2747-0.6673.16090.010.34570.1345-0.12520.29540.27820.0366-0.6673-0.26040.1888-0.0637-0.0130.40630.07690.2995-51.774258.6762-21.9058
91.9166-0.29321.14181.4028-0.25632.0253-0.0493-0.21940.03250.14540.0590.064-0.15640.01650.06570.241-0.01070.00580.2608-0.01730.2346-41.198948.941726.6342
108.10680.26290.13517.70380.17726.30590.09450.82250.6364-0.85630.3298-0.5062-0.32270.5862-0.25730.3481-0.12440.10490.5173-0.01750.459-2.921657.5939-33.383
118.90734.70643.03115.28711.61185.20410.08370.2819-0.5984-0.57740.093-0.81910.23640.6129-0.22130.35150.03660.1130.4395-0.0890.4283-5.087843.3871-39.1202
121.9153-0.0531-0.58274.12182.27596.84970.11950.0019-0.5265-0.22890.1448-0.95050.16671.1889-0.17080.27770.10480.04230.6954-0.18380.62013.987146.1325-28.2424
131.3751-0.462.3925.71881.47167.49910.3421-0.872-0.34090.3928-0.0809-0.08550.66840.2908-0.20010.27370.0633-0.00530.44990.00980.351-7.528846.5543-17.2921
146.9331-0.8006-1.09636.941.27895.24470.12311.2115-0.4792-0.88070.09750.52260.2012-0.95340.04160.5206-0.2472-0.12921.08950.08380.5998-65.2850.8597-27.5769
151.1691-0.04420.22791.4378-0.2971.16540.32140.4702-0.1007-0.4098-0.19120.57190.2276-0.7367-0.80570.291-0.102-0.26861.33690.36790.6866-66.744160.3223-32.9636
163.22652.9543-0.3332.7069-0.34680.37430.25080.55971.10430.11030.50851.1735-0.7034-1.2828-0.68140.61520.14630.06091.09240.46140.7803-61.385373.0631-37.6717
172.9421-0.2817-0.09230.71560.30490.5740.04540.57520.692-0.1657-0.00940.3351-0.1338-0.4921-0.29690.23740.07980.12691.29130.46961.0018-71.903761.2921-21.8482
183.8773.7948-5.17693.7789-5.17017.11380.3782-0.11910.40120.5173-0.10110.217-0.6594-0.1565-0.3130.39590.07970.14620.59850.11730.6198-59.618265.0513-12.0133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 4 through 14 )F4 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 15 through 26 )F15 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 27 through 61 )F27 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 62 through 128 )F62 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 129 through 147 )F129 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 148 through 185 )F148 - 185
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 23 )B12 - 23
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 24 through 147 )B24 - 147
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 148 through 184 )B148 - 184
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 12 through 18 )A12 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 19 through 50 )A19 - 50
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 51 through 67 )A51 - 67
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 68 through 80 )A68 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 12 through 18 )C12 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 19 through 38 )C19 - 38
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 39 through 50 )C39 - 50
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 51 through 68 )C51 - 68
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 69 through 80 )C69 - 80

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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