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- PDB-6i3o: Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3o
タイトルCrystal structure of DEAH-box ATPase Prp22
要素Putative pre-mRNA splicing factor
キーワードHYDROLASE / Splicing / DEAH / ATPase / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal complex disassembly / catalytic step 2 spliceosome / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site ...: / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Hamann, F. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for RNA translocation by DEAH-box ATPases.
著者: Hamann, F. / Enders, M. / Ficner, R.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative pre-mRNA splicing factor
B: Putative pre-mRNA splicing factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7932
ポリマ－152,7932
非ポリマー00
水00
1
A: Putative pre-mRNA splicing factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3971
ポリマ－76,3971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative pre-mRNA splicing factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3971
ポリマ－76,3971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.530, 93.640, 218.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 549 - 1177 / Label seq-ID: 4 - 632

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Putative pre-mRNA splicing factor


分子量: 76396.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G0S700

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris propane pH6.5, 400mM K-Thiocyanate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→86.06 Å / Num. obs: 22460 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.205 % / Biso Wilson estimate: 76.354 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 12.04 / Num. measured all: 116904 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.25-3.354.9761.061.5218590.6571.18196.3
3.35-3.455.0540.752.1216820.8130.83799.9
3.45-3.65.4390.5023.2322440.9440.55599.8
3.6-3.95.4720.325.2334830.9590.35399.9
3.9-4.45.1440.1659.2639140.9860.18399.8
4.4-4.95.4360.09515.324990.9950.10599.9
4.9-5.55.180.08815.7319490.9940.09899.9
5.5-6.55.2510.0817.2218510.9950.08999.8
6.5-85.1380.04824.813470.9980.05499.9
8-104.7910.02839.647790.9990.03199.6
10-204.5860.02245.237370.9990.02598.3
20-502.8270.02433.521100.9980.02893.2
50-86.061.3330.01623.8460.02366.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6fa5

6fa5


解像度: 3.25→86.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 78.219 / SU ML: 0.548 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.574
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2637 1123 5 %RANDOM
Rwork0.2475 ---
obs0.2483 21337 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 233.92 Å2 / Biso mean: 103.034 Å2 / Biso min: 41.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→86.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9208 0 0 0 9208
残基数----1166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0139391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0178936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.65312720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2941.57220720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0551154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.82821.966473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.975151655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.871565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021921
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16030 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.2 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.251→3.336 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 79 -
Rwork0.368 1510 -
all-1589 -
obs--98.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.19480.9172-2.30665.4361.16313.4979-0.0421-0.41070.31710.13150.0345-0.4553-0.13090.06660.00750.09780.0360.0030.07560.03920.424419.184-22.359.902
23.28041.9045-0.57932.49570.69511.6916-0.108-1.30770.44940.1482-0.34730.77730.0084-1.16990.45530.52510.0798-0.09931.4424-0.02770.9529.969-35.68438.462
32.2621-1.3258-1.66543.31830.45323.50030.0606-0.27020.05010.24840.10770.0944-0.03540.0458-0.16840.1374-0.0221-0.08470.0520.04360.3616-4.926-38.23725.378
42.4325-1.213-1.09394.5265-0.05796.504-0.0191-0.4084-0.2360.5420.14580.04440.19220.0004-0.12670.5624-0.1355-0.0450.29760.14350.5774-7.5133.72134.648
55.83420.69081.9986.1788-0.30416.48810.30491.03850.3519-0.17440.1781-0.24330.12880.5322-0.48290.9280.0652-0.0611.6850.25790.805220.97712.67146.784
63.4296-1.3392-1.33284.09861.3621.7264-0.10970.1047-0.2785-0.23080.0773-0.3431-0.05580.06430.03240.4268-0.0094-0.03640.04560.07990.416610.24119.76511.397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A546 - 733
2X-RAY DIFFRACTION2A734 - 909
3X-RAY DIFFRACTION3A910 - 1186
4X-RAY DIFFRACTION4B546 - 733
5X-RAY DIFFRACTION5B734 - 909
6X-RAY DIFFRACTION6B910 - 1186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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