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万見
- PDB-6i3h: Crystal structure of influenza A virus M1 N-terminal domain (G18A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3h
タイトルCrystal structure of influenza A virus M1 N-terminal domain (G18A mutation)
要素Matrix protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / Matrix protein 1 N-terminal domain G18A mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain ...Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Matrix protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Miyake, Y. / Keusch, J.J. / Decamps, L. / Ho-Xuan, H. / Iketani, S. / Gut, H. / Kutay, U. / Helenius, A. / Yamauchi, Y.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Influenza virus uses transportin 1 for vRNP debundling during cell entry.
著者: Miyake, Y. / Keusch, J.J. / Decamps, L. / Ho-Xuan, H. / Iketani, S. / Gut, H. / Kutay, U. / Helenius, A. / Yamauchi, Y.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 1
B: Matrix protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2554
ポリマ－39,0652
非ポリマー1902
水2,756153
1
A: Matrix protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6282
ポリマ－19,5331
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Matrix protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6282
ポリマ－19,5331
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.560, 35.580, 69.290
Angle α, β, γ (deg.)89.71, 84.40, 69.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein 1 / M1


分子量: 19532.600 Da / 分子数: 2 / 変異: G18A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05777
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% EDO_P8K, 0.1 M MB2 pH 7.5, 10% NPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 23546 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.96 % / Biso Wilson estimate: 34.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 9.69
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 1.95 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 1731 / CC1/2: 0.804 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CQE

5cqe


解像度: 1.9→21.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9425 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9347 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 1177 5 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2072 23530 94.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7845 Å21.0452 Å2-1.2921 Å2
2--3.1035 Å2-5.2663 Å2
3----6.888 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.295 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→21.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2512 0 10 153 2675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.033467HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d904SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes369HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2561HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion340SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3180SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 145 5.02 %
Rwork0.2208 2742 -
all0.2217 2887 -
obs--94.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64971.17130.45165.6381-1.23411.59760.1064-0.1101-0.0198-0.1567-0.2717-0.7583-0.05840.09010.1653-0.1892-0.00340.0071-0.1310.02210.034816.953960.58166.3094
24.09251.1408-0.24832.14670.46331.0267-0.11650.01790.13780.01080.01590.45520.0956-0.03110.1006-0.17430.00060.0038-0.1521-0.06080.054434.829756.134834.4747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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