PDB-6i35: Crystal structure of human glycine decarboxylase (P-protein) boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i35

タイトル

Crystal structure of human glycine decarboxylase (P-protein) bound with pyridoxyl-glycine-5'-monophosphate

要素

Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mitochondrial / glycine decarboxylase / glycine cleavage system P-protein

機能・相同性

機能・相同性情報

response to methylamine / response to lipoic acid / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Van Laer, B. / Kapp, U. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights in human glycine decarboxylase and comparison with the Neanderthal variant
著者: Van Laer, B. / Kapp, U. / Signor, L. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.

履歴

登録	2018年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i35.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i35.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i35_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i35_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6i35_validation.xml.gz	137.3 KB	表示
CIF形式データ	6i35_validation.cif.gz	193.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i35	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6i33SC 6i34C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	22457 6i34-2 6i34-1 6r5v-d 3u4a-d 6r5u-d 3u48-d 6i33-d 4lhd-d 1h41-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

B: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

C: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

D: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

ヘテロ分子

440 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

B: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
220 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

D: Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
220 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.660, 123.440, 197.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	51 - 1004	8 - 961
2	1	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	51 - 1004	8 - 961
1	2	ALA	ALA	MET	MET	A	A	49 - 1005	6 - 962
2	2	ALA	ALA	MET	MET	C	C	49 - 1005	6 - 962
1	3	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	51 - 1004	8 - 961
2	3	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	51 - 1004	8 - 961
1	4	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	51 - 1004	8 - 961
2	4	ARG	ARG	PRO	PRO	C	C	51 - 1004	8 - 961
1	5	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	51 - 1004	8 - 961
2	5	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	51 - 1004	8 - 961
1	6	ARG	ARG	PRO	PRO	C	C	51 - 1004	8 - 961
2	6	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	51 - 1004	8 - 961

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial / Glycine cleavage system P protein / Glycine decarboxylase / Glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) 分子量: 109512.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLDC, GCSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P23378, glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)

#1: タンパク質

Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial / Glycine cleavage system P protein / Glycine decarboxylase / Glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)

分子量: 109512.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLDC, GCSP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P23378, glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)

-
非ポリマー , 6種, 1042分子

#2: 化合物	ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 306.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1024 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 6 % PEG3350, 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.33 Å / Num. obs: 271538 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 36741 / CC_1/2: 0.484 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I33

6i33

解像度: 2→49.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24047	13576	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.21627	257933	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.125 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.71 Å²	0 Å²	2.96 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→49.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29750	0	158	1024	30932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.014	30560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	27388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.659	41354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.445	1.637	64346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.733	5	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.214	21.905	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.713	15	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.064	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	34432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.134	1.826	15262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.134	1.826	15263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.802	2.732	19060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.803	2.733	19061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.453	2.021	15298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.45	2.02	15295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.252	2.958	22292
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.241	22.28	34499
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.24	22.125	34371
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32331	0.08
1	2	B	32331	0.08
2	1	A	32761	0.06
2	2	C	32761	0.06
3	1	A	32246	0.08
3	2	D	32246	0.08
4	1	B	32350	0.07
4	2	C	32350	0.07
5	1	B	32622	0.06
5	2	D	32622	0.06
6	1	C	32292	0.07
6	2	D	32292	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	991	-
R_work	0.389	18832	-
obs	-	-	98.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7773	0.0784	-0.0804	0.9822	-0.0686	0.6656	0.0471	0.1019	0.0294	-0.0684	0.0163	-0.1204	-0.0295	0.1015	-0.0634	0.2905	0.0137	-0.2513	0.0333	-0.0209	0.2746	18.519	-23.069	-4.741
2	1.1942	0.1102	0.4458	1.1517	-0.3576	1.6111	0.0229	0.2624	-0.0795	-0.2702	0.0751	0.1572	0.1117	-0.1094	-0.0979	0.3515	0.001	-0.3056	0.0878	-0.0175	0.2771	-1.86	-33.866	-13.723
3	0.8591	-0.1867	-0.2551	2.6832	0.4623	0.8248	0.1136	0.0724	0.185	-0.0571	-0.0612	0.4181	-0.1654	-0.183	-0.0524	0.2477	0.042	-0.1553	0.0475	0.0345	0.3292	-14.941	-15.471	7.432
4	3.568	0.7227	-2.8556	1.1469	-0.3339	3.4355	0.1094	-0.1395	0.1429	0.2304	-0.0405	0.1115	-0.2672	-0.0505	-0.069	0.3486	0.0427	-0.1679	0.0299	-0.0187	0.321	-2.54	-2.519	12.287
5	0.7518	0.0023	0.0711	1.1022	-0.1342	0.8133	0.0691	-0.27	0.0019	0.4517	-0.0174	-0.1604	0.0146	0.141	-0.0518	0.5387	-0.0015	-0.3473	0.1736	-0.0319	0.253	20.934	-32.122	37.749
6	1.0464	-0.0892	-0.0254	2.9436	0.3299	1.1092	0.0507	-0.2773	-0.1712	0.472	0.0393	0.0023	0.1814	0.0024	-0.0901	0.46	-0.0035	-0.2672	0.1492	0.0628	0.2083	11.243	-46.284	34.344
7	0.6667	0.2164	0.1095	1.0044	-0.0677	0.6867	0.0727	-0.2769	0.1054	0.471	-0.0461	-0.2237	-0.1167	0.2082	-0.0265	0.5382	-0.0541	-0.363	0.2251	-0.0745	0.3164	28.615	-19.297	38.547
8	1.4603	0.0868	0.6303	4.5534	-1.3131	1.5763	-0.0489	-0.2718	0.2803	0.5577	0.1495	0.2225	-0.295	-0.1815	-0.1007	0.5304	0.0178	-0.1422	0.1717	-0.1255	0.3186	3.335	-2.825	33.871
9	0.7556	-0.0973	-0.0291	0.9743	0.0203	0.7196	0.0619	-0.1545	0.031	0.1016	-0.0006	0.0387	-0.0094	-0.0365	-0.0613	0.2974	-0.0317	-0.2532	0.0356	0.0124	0.2524	-26.223	34.184	105.116
10	1.9314	-2.1645	2.0895	2.4509	-2.3599	2.2897	0.0307	-0.1159	-0.0827	-0.0657	0.0576	0.0253	0.1288	-0.0656	-0.0884	0.4201	0.0543	-0.0745	0.3158	0.087	0.403	-31.113	20.662	114.632
11	1.1008	0.3746	-0.4394	1.4915	-0.488	0.6303	0.1662	-0.136	0.1316	0.004	-0.1087	-0.3483	-0.1305	0.1919	-0.0576	0.337	-0.0459	-0.2185	0.0599	-0.0299	0.4144	-2.715	40.649	92.41
12	3.6328	-0.9403	-2.9585	1.2534	0.5208	3.2139	0.1011	0.1579	0.1668	-0.2638	-0.0721	-0.1122	-0.2707	0.0105	-0.029	0.361	-0.0348	-0.1656	0.0313	0.022	0.3114	-10.967	57.161	85.608
13	0.593	0.1868	-0.0086	1.0952	-0.1766	1.2116	0.0684	-0.0336	0.1416	-0.1629	0.0416	0.5637	-0.1768	-0.3937	-0.1101	0.3826	0.0544	-0.3418	0.2164	0.0533	0.541	-53.695	43.022	77.343
14	0.9912	-0.0965	0.1626	1.7152	0.2035	0.9067	0.1102	0.3254	-0.1338	-0.5722	-0.0473	0.0419	0.0898	0.0427	-0.063	0.5743	0.0515	-0.3009	0.1464	-0.0313	0.2376	-25.674	17.783	57.65
15	0.7724	-0.2426	0.1505	1.0333	0.0296	0.6636	0.095	0.2653	0.0895	-0.5246	-0.0707	0.244	-0.1195	-0.1588	-0.0243	0.5828	0.0679	-0.3759	0.179	0.0602	0.3217	-42.008	40.428	59.186
16	1.6424	-0.1781	0.571	4.949	1.6221	1.6595	-0.0115	0.2497	0.2307	-0.6174	0.1109	-0.1466	-0.2859	0.2222	-0.0994	0.5174	-0.0052	-0.1405	0.1603	0.1326	0.3176	-16.725	56.928	63.981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	49 - 591
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	592 - 823
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	824 - 958
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	959 - 1005
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	51 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	341 - 506
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	507 - 940
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	941 - 1004
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	49 - 781
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	782 - 790
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	794 - 958
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	959 - 1005
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	51 - 130
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	131 - 506
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	507 - 940
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	941 - 1004

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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