PDB-6i31: Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i31

タイトル

Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-3

要素

Evasin-3

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / chemokine-binding tick evasin saliva

機能・相同性

negative regulation of protein homodimerization activity / negative regulation of chemokine activity / C-X-C chemokine binding / extracellular region / : / Evasin-3

機能・相同性情報

生物種

Rhipicephalus sanguineus (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Dias, J.M. / Shaw, J.P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A knottin scaffold directs the CXC-chemokine-binding specificity of tick evasins.
著者: Lee, A.W. / Deruaz, M. / Lynch, C. / Davies, G. / Singh, K. / Alenazi, Y. / Eaton, J.R.O. / Kawamura, A. / Shaw, J. / Proudfoot, A.E.I. / Dias, J.M. / Bhattacharya, S.

履歴

登録	2018年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i31.cif.gz	50.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i31.ent.gz	38.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i31_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i31_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	6i31_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	6i31_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jza-d 1hsm-d 2eq3-d 2hac-d 5vjj-1 6kzf-d 2ehf-d 1l8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Evasin-3

B: Evasin-3

ヘテロ分子

14.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Evasin-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
7.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Evasin-3

登録者が定義した集合体
7.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.090, 55.090, 71.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Evasin-3 分子量: 7012.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C8E8
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 25%PEG3350 100mM Bis-tris buffer pH 6.5 20mM CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→47.62 Å / Num. obs: 11993 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.31 Å² / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.79→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.79→14.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.116 / SU R_free Blow DPI: 0.106 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	577	4.81 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.192	11993	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.64 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.79→14.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	729	0	1	97	827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	739	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	991	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		259	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		135	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		739	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.28
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.98
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		90	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		904	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.97 Å / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	157	5.63 %
R_work	0.1935	2633	-
all	0.1955	2790	-
obs	-	-	98.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9731	-0.9774	-1.7082	1.5699	1.4272	2.8309	0.1031	-0.0028	-0.0194	-0.0479	-0.0792	0.0092	-0.2445	0.0488	-0.024	0.0073	0.0045	0.001	0.0232	-0.035	-0.0167	9.8684	29.1096	3.6287
2	2.794	-0.68	1.7389	5.6204	2.809	8.3155	-0.1397	0.0391	-0.3455	0.3893	0.1662	0.3881	0.3192	-0.4442	-0.0265	-0.0528	-0.0576	0.0663	0.0255	0.029	-0.025	0.2488	19.5201	7.2302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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