[日本語] English
万見
- PDB-6i31: Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i31
タイトルCrystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-3
要素Evasin-3
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / chemokine-binding tick evasin saliva
機能・相同性negative regulation of protein homodimerization activity / negative regulation of chemokine activity / C-X-C chemokine binding / extracellular region / : / Evasin-3
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus sanguineus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Dias, J.M. / Shaw, J.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/16/100/32632 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A knottin scaffold directs the CXC-chemokine-binding specificity of tick evasins.
著者: Lee, A.W. / Deruaz, M. / Lynch, C. / Davies, G. / Singh, K. / Alenazi, Y. / Eaton, J.R.O. / Kawamura, A. / Shaw, J. / Proudfoot, A.E.I. / Dias, J.M. / Bhattacharya, S.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Evasin-3
B: Evasin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1383
ポリマ－14,0262
非ポリマー1121
水1,74797
1
A: Evasin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1252
ポリマ－7,0131
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Evasin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0131
ポリマ－7,0131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.090, 55.090, 71.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Evasin-3


分子量: 7012.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C8E8
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 25%PEG3350 100mM Bis-tris buffer pH 6.5 20mM CdCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→47.62 Å / Num. obs: 11993 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 26.31 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.79→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.79→14.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Blow DPI: 0.106 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 577 4.81 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 11993 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.82 Å20 Å20 Å2
2---4.82 Å20 Å2
3---9.64 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→14.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数729 0 1 97 827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01739HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13991HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d259SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes135HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it739HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion90SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact904SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.97 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 157 5.63 %
Rwork0.1935 2633 -
all0.1955 2790 -
obs--98.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9731-0.9774-1.70821.56991.42722.83090.1031-0.0028-0.0194-0.0479-0.07920.0092-0.24450.0488-0.0240.00730.00450.0010.0232-0.035-0.01679.868429.10963.6287
22.794-0.681.73895.62042.8098.3155-0.13970.0391-0.34550.38930.16620.38810.3192-0.4442-0.0265-0.0528-0.05760.06630.02550.029-0.0250.248819.52017.2302
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る