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- PDB-6i28: Crystal Structure of Cydia Pomonella PTP-2 phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i28
タイトルCrystal Structure of Cydia Pomonella PTP-2 phosphatase
要素ORF98 PTP-2
キーワードVIRAL PROTEIN / Cydia Pomonella / PTP-2 phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Huang, G. / Keown, J.P. / Oliver, M.R. / Metcalf, P.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandUOA221 ニュージーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of protein tyrosine phosphatase-2 from Cydia pomonella granulovirus.
著者: Huang, G. / Oliver, M.R. / Keown, J.R. / Goldstone, D.C. / Metcalf, P.
履歴
登録2018年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF98 PTP-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6103
ポリマ－19,4781
非ポリマー1322
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.690, 66.720, 97.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ORF98 PTP-2


分子量: 19478.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス)
株: isolate Mexico/1963 / 遺伝子: orf98 ptp-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91EV7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES-NaOH pH 7.5, 200mM CaCl2, 14%-20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.44 Å / Num. obs: 25886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 365717 / Scaling rejects: 140
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.65-1.6814.23.93712500.4041.0824.085100
9.04-46.4410.50.0331910.9990.010.03498.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.38 Å33.7 Å
Translation5.38 Å33.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→33.702 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 1307 5.05 %
Rwork0.1852 --
obs0.1872 25882 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.04 Å2 / Biso mean: 37.4873 Å2 / Biso min: 13.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→33.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1302 0 14 110 1426
Biso mean--68.39 43.45 -
残基数----161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.65-1.71610.40911550.36526682823
1.7161-1.79420.38851390.33727052844
1.7942-1.88880.31321380.297526892827
1.8888-2.00710.35291150.242227272842
2.0071-2.16210.2521120.203127542866
2.1621-2.37960.24121470.165527112858
2.3796-2.72380.21391410.163327382879
2.7238-3.43120.19171760.167927372913
3.4312-33.70870.18541840.146728463030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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