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- PDB-6i02: Structure of human D-glucuronyl C5 epimerase in complex with product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i02
タイトルStructure of human D-glucuronyl C5 epimerase in complex with product
要素D-glucuronyl C5-epimerase
キーワードISOMERASE / C5-epimerase / heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase / heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase activity / negative regulation of cell projection organization / heparin biosynthetic process / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / HS-GAG biosynthesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / Golgi membrane / calcium ion binding ...heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase / heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase activity / negative regulation of cell projection organization / heparin biosynthetic process / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / HS-GAG biosynthesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / Golgi membrane / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
D-glucuronyl C5-epimerase, C-terminal / D-glucuronyl C5-epimerase / D-glucuronyl C5-epimerase C-terminus / D-glucuronyl C5-epimerase, beta-sandwich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glucuronyl C5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Debarnot, C. / Monneau, Y.R. / Roig-Zamboni, V. / Le Narvor, C. / Goulet, A. / Fadel, F. / Vives, R.R. / Bonnaffe, D. / Lortat-Jacob, H. / Bourne, Y.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INBS-05 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-33 フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Substrate binding mode and catalytic mechanism of human heparan sulfate d-glucuronyl C5 epimerase.
著者: Debarnot, C. / Monneau, Y.R. / Roig-Zamboni, V. / Delauzun, V. / Le Narvor, C. / Richard, E. / Henault, J. / Goulet, A. / Fadel, F. / Vives, R.R. / Priem, B. / Bonnaffe, D. / Lortat-Jacob, H. / Bourne, Y.
履歴
登録2018年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-glucuronyl C5-epimerase
B: D-glucuronyl C5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,29925
ポリマ－120,5892
非ポリマー8,71023
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21740 Å2
ΔGint62 kcal/mol
Surface area44800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.811, 99.811, 260.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 102 - 617 / Label seq-ID: 12 - 527

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-glucuronyl C5-epimerase / Heparan sulfate C5-epimerase / Hsepi / Heparin/heparan sulfate:glucuronic acid C5-epimerase / ...Heparan sulfate C5-epimerase / Hsepi / Heparin/heparan sulfate:glucuronic acid C5-epimerase / Heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase


分子量: 60294.371 Da / 分子数: 2 / 変異: Y578F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLCE, KIAA0836 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O94923, heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase

-
糖 , 8種, 8分子

#2: 多糖 alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L- ...alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1687.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LIdopAa1-4DGlcpNSa1-4LIdopAa1-4DGlcpNSa1-4LIdopAa1-4DGlcpNSa1-4LIdopAa1-4DGlcpNSa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,8,7/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5]/1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L- ...alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1446.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LIdopAa1-4DGlcpNSa1-4LIdopAa1-4DGlcpNSa1-4LIdopAa1-4DGlcpNSa1-4LIdopAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2121A-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-IdopA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][a-L-IdopA]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 377分子

#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#11: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#12: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na acetate pH 5.5, 24% MPEG 5K and 0.1 M MES pH 6.5, 1.25 M lithium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.06 Å / Num. obs: 51003 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 1.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HZZ

6hzz


解像度: 2.45→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 16.012 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2671 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 51003 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8289 0 569 362 9220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0149155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.74812453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9781.7118933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37951038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88822.129451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.027151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7641548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9793.4064119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9783.4064118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1765.1045147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1765.1045148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1144.2085036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1124.2085036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8886.2047300
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.73241.529958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.73241.5299959
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16402 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 192 -
Rwork0.304 3783 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85910.0962-0.0390.89660.21530.5410.0273-0.01360.0844-0.0241-0.03180.1474-0.0032-0.02260.00450.0586-0.0032-0.03250.0021-0.00710.15210.7034-12.7845-2.9155
21.6230.56750.49861.9972-0.32781.43030.0223-0.0959-0.15730.0852-0.02650.51970.0961-0.23880.00420.0764-0.05620.01450.0663-0.03460.4341-13.9662-39.38891.5204
30.38630.32660.24740.56520.19620.33440.01610.05080.0344-0.04790.0453-0.07410.00710.1427-0.06150.0918-0.00760.0160.0822-0.02080.241341.68395.37662.9694
42.66390.26220.85881.1135-0.2762.70560.06480.3480.1439-0.1826-0.2044-0.5296-0.05880.8090.13950.04470.00060.1130.3620.0790.440776.41617.0843-2.1313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A102 - 229
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 617
3X-RAY DIFFRACTION2A230 - 400
4X-RAY DIFFRACTION3B102 - 229
5X-RAY DIFFRACTION3B401 - 617
6X-RAY DIFFRACTION4B230 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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