[日本語] English
万見
- PDB-6hz2: SOLUTION NMR STRUCTURE OF MAXIMIN 3 IN 50% TRIFLUOROETHANOL -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hz2
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF MAXIMIN 3 IN 50% TRIFLUOROETHANOL
要素Maximins 3/H11 type 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / maximin 3 antimicrobial peptide alpha helix
機能・相同性Bombinin / Bombinin / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Maximins 3/H11 type 2
機能・相同性情報
生物種Bombina maxima (カエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Benetti, S. / Timmons, P.B. / Hewage, C.M.
引用
ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2019
タイトル: NMR model structure of the antimicrobial peptide maximin 3.
著者: Benetti, S. / Timmons, P.B. / Hewage, C.M.
#1: ジャーナル: Peptides / 年: 2002
タイトル: Antimicrobial peptides from skin secretions of Chinese red belly toad Bombina maxima.
著者: Lai, R. / Zheng, Y.T. / Shen, J.H. / Liu, G.J. / Liu, H. / Lee, W.H. / Tang, S.Z. / Zhang, Y.
#2: ジャーナル: J. Proteome Res. / 年: 2011
タイトル: There are abundant antimicrobial peptides in brains of two kinds of Bombina toads.
著者: Liu, R. / Liu, H. / Ma, Y. / Wu, J. / Yang, H. / Ye, H. / Lai, R.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maximins 3/H11 type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7031
ポリマ－2,7031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2470 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Maximins 3/H11 type 2


分子量: 2703.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bombina maxima (カエル) / 参照: UniProt: Q58T64

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11D
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.19 mM Maximin 3, trifluoroethanol/water / 詳細: 50% TFE/water / Label: maximin3_tfe / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料濃度: 0.19 mM / 構成要素: Maximin 3 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
NMRFAM-SPARKYNATIONAL MAGNETIC RESONANCE FACILITY AT MADISONpeak picking
NMRFAM-SPARKYNATIONAL MAGNETIC RESONANCE FACILITY AT MADISONchemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NAMDNIH CENTER FOR MACROMOLECULAR MODELING & BIOINFORMATICS - UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA-CHAMPAIGN精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る