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万見
- PDB-6hyk: NMR solution structure of the C/D box snoRNA U14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hyk
タイトルNMR solution structure of the C/D box snoRNA U14
要素RNA (31-MER)
キーワードRNA / snoRNA / U14 / K-turn / Snu13p
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chagot, M.E. / Quinternet, M. / Rothe, B. / Charpentier, B. / Coutant, J. / Manival, X. / Lebars, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE11-0032-02 フランス
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2019
タイトル: The yeast C/D box snoRNA U14 adopts a "weak" K-turn like conformation recognized by the Snu13 core protein in solution.
著者: Chagot, M.E. / Quinternet, M. / Rothe, B. / Charpentier, B. / Coutant, J. / Manival, X. / Lebars, I.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9991
ポリマ－9,9991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 RNA (31-MER)


分子量: 9998.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
431isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
251isotropic12D 1H-15N HSQC
461isotropic12D 1H-15N HSQC
471isotropic12D 1H-13C HSQC
681anisotropic12D 1H-15N HSQC
1161isotropic12D HNN COSY
2171isotropic12D HNN COSY
3181isotropic12D HNN COSY
392isotropic12D 1H-1H NOESY
4102isotropic12D 1H-1H NOESY
5112isotropic12D 1H-1H NOESY
3122isotropic12D MLEV
4132isotropic12D MLEV
5142isotropic12D MLEV
3152isotropic12D 1H-13C HSQC
4192isotropic12D 1H-13C HSQC
5202isotropic12D 1H-13C HSQC
6212anisotropic12D 1H-13C HSQC
4222isotropic12D DQF-COSY
4232isotropic12D HCN
4242isotropic13D (H)CCH-TOCSY
4252isotropic23D HCP
4262isotropic22D HPCOSY
4272isotropic22D HCC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1500 uM RNA (31-MER), 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA (31-MER), 90% H2O/10% D2O50 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaClU14_H2O90% H2O/10% D2O
solution2500 uM RNA (31-MER), 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA (31-MER), 100% D2O50 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaClU14_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMRNA (31-MER)_unlabelnatural abundance1
500 uMRNA (31-MER)_label[U-99% 13C; U-99% 15N]1
500 uMRNA (31-MER)_unlabelnatural abundance2
500 uMRNA (31-MER)_label[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaCl150 mM NaCl Not definedconditions_16.4atmospheric Pa283 K
250 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaCl150 mM NaCl Not definedconditions_26.4ambient Pa288 K
350 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaCl150 mM NaCl Not definedconditions_36.4ambient Pa293 K
450 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaCl150 mM NaCl Mconditions_46.4ambient Pa298 K
550 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaCl150 mM NaCl Not definedcondition_56.4ambient Pa303 K
650 mM sodium phosphate buffer pH6.4 150 mM NaCl pf1 filamentous bacteriophage150 mM NaCl Not definedconditions_66.4ambient Pa298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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