[日本語] English
万見
- PDB-6hxb: SERCA2a from pig heart -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxb
タイトルSERCA2a from pig heart
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
キーワードHYDROLASE / Ca2+-ATPase / SERCA
機能・相同性
機能・相同性情報


Reduction of cytosolic Ca++ levels / ER-nucleus signaling pathway / positive regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / P-type calcium transporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / calcium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / Ion homeostasis / T-tubule organization / Ion transport by P-type ATPases / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / ER-nucleus signaling pathway / positive regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / P-type calcium transporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / calcium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / Ion homeostasis / T-tubule organization / Ion transport by P-type ATPases / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of heart contraction / ribbon synapse / P-type Ca2+ transporter / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / S100 protein binding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / lncRNA binding / autophagosome assembly / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel regulator activity / neuron cellular homeostasis / calcium ion transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to oxidative stress / transmembrane transporter binding / calcium ion binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) ...P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / : / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4 Å
データ登録者Sitsel, A. / Andersen, J.L. / Nissen, P. / Olesen, C.
資金援助 ベルギー, デンマーク, 4件
組織認可番号国
Other governmentVLAIO ベルギー
Other governmentThe Danish National Research Foundation - Center for Membrane Pumps in Cells and Disease (PUMPkin) デンマーク
Other governmentEuropean Research Council Advanced Research grant BIOMEMOS デンマーク
Other privateKaren Elise Jensens Fond デンマーク
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Structures of the heart specific SERCA2a Ca 2+ -ATPase.
著者: Sitsel, A. / De Raeymaecker, J. / Drachmann, N.D. / Derua, R. / Smaardijk, S. / Andersen, J.L. / Vandecaetsbeek, I. / Chen, J. / De Maeyer, M. / Waelkens, E. / Olesen, C. / Vangheluwe, P. / Nissen, P.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5026
ポリマ－109,8371
非ポリマー6655
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area45490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.995, 51.776, 125.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.13, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 2 / SR Ca(2+)-ATPase 2 / Calcium pump 2 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / ...SR Ca(2+)-ATPase 2 / Calcium pump 2 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / slow twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109836.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P11607, EC: 3.6.3.8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21% PEG2000 monomethyl ether, 20% glycerol, 100 mM NaCl, 5% tert-BuOH and 2.4% Zwittergent-3-08

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→42.7 Å / Num. obs: 12416 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 4→4.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 4→41.724 Å / SU ML: 0.84 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 47.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3544 618 5 %
Rwork0.3098 --
obs-12370 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→41.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7465 0 35 1 7501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53310357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6394620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.40220.41481600.38082867X-RAY DIFFRACTION98
4.4022-5.03830.43271480.31882928X-RAY DIFFRACTION99
5.0383-6.34410.38051550.36522948X-RAY DIFFRACTION99
6.3441-41.72580.30381550.26743009X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る