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- PDB-6hx9: Putrescine transaminase from Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hx9
タイトルPutrescine transaminase from Pseudomonas putida
要素Aspartate aminotransferase family protein
キーワードTRANSFERASE / Class I transaminases
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate aminotransferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Gahloth, D.
引用ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2018
タイトル: Characterization of a Putrescine Transaminase FromPseudomonas putidaand its Application to the Synthesis of Benzylamine Derivatives.
著者: Galman, J.L. / Gahloth, D. / Parmeggiani, F. / Slabu, I. / Leys, D. / Turner, N.J.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aspartate aminotransferase family protein
A: Aspartate aminotransferase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3492
ポリマ－100,3492
非ポリマー00
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.550, 96.120, 151.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase family protein


分子量: 50174.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: B7H18_25010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X0Z7H5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→59.452 Å / Num. obs: 57573 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 2292

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TI8

5ti8


解像度: 2.05→59.45 Å / SU ML: 0.2718 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1147
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 2885 5.01 %
Rwork0.2067 --
obs0.2092 57573 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→59.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5944 0 0 333 6277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00756074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89768217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.06153615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.080.29991420.2672588X-RAY DIFFRACTION99.31
2.08-2.120.3921340.27172527X-RAY DIFFRACTION99.14
2.12-2.160.31061360.26042613X-RAY DIFFRACTION99.24
2.16-2.20.26781310.24812532X-RAY DIFFRACTION98.92
2.2-2.240.35131600.252560X-RAY DIFFRACTION99.31
2.24-2.290.32181310.252584X-RAY DIFFRACTION99.41
2.29-2.350.29561220.24292588X-RAY DIFFRACTION99.52
2.35-2.410.30171380.24312599X-RAY DIFFRACTION99.09
2.41-2.470.34151350.23892550X-RAY DIFFRACTION99.33
2.47-2.540.28971320.23582596X-RAY DIFFRACTION98.98
2.54-2.630.25041640.22852535X-RAY DIFFRACTION98.72
2.63-2.720.31721480.23322598X-RAY DIFFRACTION99.06
2.72-2.830.32381250.22542595X-RAY DIFFRACTION99.38
2.83-2.960.23851350.22892589X-RAY DIFFRACTION99.27
2.96-3.110.31360.23392636X-RAY DIFFRACTION99.57
3.11-3.310.31761320.21912617X-RAY DIFFRACTION99.46
3.31-3.560.25821250.21332616X-RAY DIFFRACTION98.77
3.56-3.920.23911490.18422613X-RAY DIFFRACTION98.93
3.92-4.490.20281330.16782668X-RAY DIFFRACTION99.47
4.49-5.650.18081460.16232686X-RAY DIFFRACTION99.47
5.65-59.480.2211310.1812798X-RAY DIFFRACTION98.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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