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- PDB-6hwh: Structure of a functional obligate respiratory supercomplex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hwh
タイトルStructure of a functional obligate respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis
要素
  • (Co-purified unknown peptide built as ...) x 2
  • (Co-purified unknown transmembrane helices built as ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • (Ubiquinol-cytochrome ...) x 2
  • Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 4
  • MSMEG_4693
  • Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
キーワードELECTRON TRANSPORT / Membrane Protein / Cryo-EM / Respiratory supercomplex / Mycobacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : ...Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-AS / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-AS / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wiseman, B. / Nitharwal, R.G. / Fedotovskaya, O. / Schafer, J. / Guo, H. / Kuang, Q. / Benlekbir, S. / Sjostrand, D. / Adelroth, P. / Rubinstein, J.L. ...Wiseman, B. / Nitharwal, R.G. / Fedotovskaya, O. / Schafer, J. / Guo, H. / Kuang, Q. / Benlekbir, S. / Sjostrand, D. / Adelroth, P. / Rubinstein, J.L. / Brzezinski, P. / Hogbom, M.
資金援助 カナダ, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health ResearchMOP 81294 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of a functional obligate complex IIIIV respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis.
著者: Benjamin Wiseman / Ram Gopal Nitharwal / Olga Fedotovskaya / Jacob Schäfer / Hui Guo / Qie Kuang / Samir Benlekbir / Dan Sjöstrand / Pia Ädelroth / John L Rubinstein / Peter Brzezinski / Martin Högbom /
要旨: In the mycobacterial electron-transport chain, respiratory complex III passes electrons from menaquinol to complex IV, which in turn reduces oxygen, the terminal acceptor. Electron transfer is ...In the mycobacterial electron-transport chain, respiratory complex III passes electrons from menaquinol to complex IV, which in turn reduces oxygen, the terminal acceptor. Electron transfer is coupled to transmembrane proton translocation, thus establishing the electrochemical proton gradient that drives ATP synthesis. We isolated, biochemically characterized, and determined the structure of the obligate IIIIV supercomplex from Mycobacterium smegmatis, a model for Mycobacterium tuberculosis. The supercomplex has quinol:O oxidoreductase activity without exogenous cytochrome c and includes a superoxide dismutase subunit that may detoxify reactive oxygen species produced during respiration. We found menaquinone bound in both the Q and Q sites of complex III. The complex III-intrinsic diheme cytochrome cc subunit, which functionally replaces both cytochrome c and soluble cytochrome c in canonical electron-transport chains, displays two conformations: one in which it provides a direct electronic link to complex IV and another in which it serves as an electrical switch interrupting the connection.
履歴
登録2018年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年11月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年11月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.42025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
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  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0289
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
G: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
H: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
I: Co-purified unknown peptide built as polyALA
J: Co-purified unknown peptide built as polyALA
M: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
P: Cytochrome c oxidase subunit 2
R: MSMEG_4693
T: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
V: Cytochrome c oxidase subunit 1
X: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
Z: Cytochrome c oxidase subunit 3
b: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB
B: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
C: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
D: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
E: Co-purified unknown peptide built as polyALA
F: Co-purified unknown peptide built as polyALA
K: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
L: Cytochrome c oxidase subunit 2
N: MSMEG_4693
O: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
Q: Cytochrome c oxidase subunit 1
S: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
W: Cytochrome c oxidase subunit 3
Y: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB
i: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
j: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)710,29660
ポリマ－686,08628
非ポリマー24,21032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis, microscopy, negative staining and cryo
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
2
A: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
G: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
H: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
I: Co-purified unknown peptide built as polyALA
J: Co-purified unknown peptide built as polyALA
M: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
P: Cytochrome c oxidase subunit 2
R: MSMEG_4693
T: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
V: Cytochrome c oxidase subunit 1
X: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
Z: Cytochrome c oxidase subunit 3
b: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB
B: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
C: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
D: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
E: Co-purified unknown peptide built as polyALA
F: Co-purified unknown peptide built as polyALA
K: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
L: Cytochrome c oxidase subunit 2
N: MSMEG_4693
O: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
Q: Cytochrome c oxidase subunit 1
S: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
W: Cytochrome c oxidase subunit 3
Y: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)652,69155
ポリマ－630,33626
非ポリマー22,35429
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area157740 Å2
ΔGint-1432 kcal/mol
Surface area170610 Å2
手法PISA

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要素

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Ubiquinol-cytochrome ... , 2種, 4分子 ABbY

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 44869.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R051
#13: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB


分子量: 61271.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: qcrB, MSMEI_4163
発現宿主: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FGS8, UniProt: A0R052*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

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Co-purified unknown transmembrane helices built as ... , 2種, 4分子 GCHD

#2: タンパク質 Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA


分子量: 6315.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
#3: タンパク質 Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA


分子量: 5549.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

-
Co-purified unknown peptide built as ... , 2種, 4分子 IEJF

#4: タンパク質・ペプチド Co-purified unknown peptide built as polyALA


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: chains M,K: transmembrane helix built and refined to density. chains i, j: homology model of soluble domain built as polyALA only rigid-body docked to density.
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
#5: タンパク質・ペプチド Co-purified unknown peptide built as polyALA


分子量: 2996.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

-
タンパク質 , 4種, 10分子 MKijRNTOXS

#6: タンパク質
Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit


分子量: 27874.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: chains M,K: transmembrane helix built and refined into density chains i,j: homology model of the periplasmic soluble domain built as polyALA and rigid-body docked into low resolution density
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R050, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 MSMEG_4693


分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R1B6
#9: タンパク質 Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575


分子量: 15910.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R1B5
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R056, cytochrome-c oxidase

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 6分子 PLVQZW

#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 38077.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R057, cytochrome-c oxidase
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 64841.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R0M4, cytochrome-c oxidase
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
参照: UniProt: A0R049, cytochrome-c oxidase

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非ポリマー , 7種, 32分子

#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物
ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#17: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#18: 化合物
ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#19: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#20: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatis
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.770 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: deletion of the complex III operon qcrCAB (qcrCAB::hyg)
細胞内の位置: membrane
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 40 seconds at 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5316

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
10Coot0.8.9.1モデル精密化
11PHENIX1.14-3228-000モデル精密化
13cryoSPARC2最終オイラー角割当
14cryoSPARC2分類
15cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 751329
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104198 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Model was built de novo; except for chains i,j which are polyALA homology models rigid-body docked into low resolution density.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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